Missing coverage evidence...
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AGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAA  >  minE/1405054‑1405120 |                                                                   aGCAACGCGTTAATGCCACAACGTGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1243312/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGTaa  <  1:234302/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:514160/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1995028/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:2035000/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:2041118/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:2049738/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:2077366/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:2150542/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:313119/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:448867/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:477137/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1984147/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:569754/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:618977/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:623064/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:677023/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:70889/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:84771/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:893767/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:951046/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1641255/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1132315/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1185928/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1196935/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1381616/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1527524/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1549509/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1572576/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1600447/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1069778/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1650593/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1652487/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1680401/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:171784/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:176005/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:180004/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:182032/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1962611/67‑1 (MQ=255) aGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTAATGCTTCCCGCAAGCAGCaa  <  1:1154744/67‑1 (MQ=255) |                                                                   AGCAACGCGTTAATGCCACAACGGGTCAGCCACTCAGCTTTGAATTATTGCTTCCCGCAAGCAGCAA  >  minE/1405054‑1405120

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑