Missing coverage evidence...
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ACATCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCA  >  minE/1960619‑1960684 |                                                                  acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTTCGCGAACATCa  <  1:380864/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:400579/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1724192/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1726824/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1762530/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:187939/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1949531/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:2026827/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:282971/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:335086/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1716505/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:403053/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:536911/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:559105/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:684661/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:8366/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:889016/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:979794/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:985144/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1445353/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1103063/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1122451/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1128518/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1131807/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1138450/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1155167/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1363289/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1430529/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1435500/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1021904/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1450769/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1465353/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1538897/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1582812/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1632880/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1654483/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1704594/66‑1 (MQ=255) acaTCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGAGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCa  <  1:1574095/66‑1 (MQ=255) |                                                                  ACATCGTTAACAGATTTCAGGGTAGCCGGTGCAGTTTCAGAGAACTCGGTTGCTACGCGAACATCA  >  minE/1960619‑1960684

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑