Missing coverage evidence...
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CACCACGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTT  >  minE/2204593‑2204659 |                                                                   caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:363068/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:95941/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:93030/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:898189/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:892332/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:744433/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:688152/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:643734/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:627139/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:572282/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:516139/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:49103/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:430513/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:364452/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:108010/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:325726/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:282901/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:281769/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:281026/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:2106729/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:2089459/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:2030832/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1751427/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1719751/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1709086/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1627383/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1346248/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1156695/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:1128817/67‑1 (MQ=255) caccacGATAACGGGAAACAGACTCACGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTAttt  <  1:668414/67‑1 (MQ=255) |                                                                   CACCACGATAACGGGAAACAGACTCATGTTGACCTTGGTTGTAAAGAGAGAGCAGGCGTTATTATTT  >  minE/2204593‑2204659

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑