Missing coverage evidence...
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TTGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATC  >  minE/2571491‑2571556 |                                                                  ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGt                                >  1:1074081/1‑36 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGAt   >  1:335012/1‑65 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGAt   >  1:1710228/1‑65 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:993492/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:878760/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:804292/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:618040/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:516213/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:481230/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:475107/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:454511/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:366568/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:344924/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:216260/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1947455/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1848131/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1755543/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1645854/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1610235/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1509933/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1396553/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1388070/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1380793/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1366110/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1293313/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1281137/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1271044/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1215706/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1115782/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1100828/1‑66 (MQ=255) ttGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATc  >  1:1090105/1‑66 (MQ=255) |                                                                  TTGCGATGATGGCTTTATTATCTGAAGGATGACAGTCACATTTAAAAAATATTTAATCTATAGATC  >  minE/2571491‑2571556

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑