Missing coverage evidence...
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ACCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGGTGGTG  >  minE/2641788‑2641853 |                                                                  aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAAtggtgg    >  1:1860302/1‑64 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:407312/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:2108864/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:2154241/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:270585/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:273156/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:293828/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:320197/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:33728/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:960230/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:460209/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:499908/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:673665/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:726956/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:788306/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:792134/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:930293/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1022648/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1383426/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1042538/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:104745/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1047812/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1100088/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1113116/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1145498/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:118036/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1213205/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1991082/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1566136/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:162111/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1646546/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1722025/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1724105/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1730018/1‑66 (MQ=255) aCCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGgtggtg  >  1:1858329/1‑66 (MQ=255) |                                                                  ACCTGGCTGGTTACCGGTAGCCCAGGCGGTAGCCGGATCATCACTACAGTGCTGCAAATGGTGGTG  >  minE/2641788‑2641853

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑