Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,222,992	A→T	100%	T523S (ACG→TCG)	yebT →	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,222,992	0	A	T	100.0%	111.0 / NA	35	T523S (ACG→TCG)	yebT	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base T (0/35);  total (0/35)
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold.
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand.

TTACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGACGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGC  >  minE/1222959‑1223025                                  |                                  ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTTCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1998791/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGTAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:364459/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1935523/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:971989/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:96756/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:945424/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:908496/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:719079/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:719/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:641100/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:627531/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:574355/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:439444/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:299484/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1090110/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1885708/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1380039/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1130858/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:11647/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1198704/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:121465/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1309937/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:135731/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:17855/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1398754/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1474614/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:152962/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:159243/67‑1 (MQ=255) ttACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1716634/67‑1 (MQ=255)  tACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:662351/66‑1 (MQ=255)  tACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1309990/66‑1 (MQ=255)  tACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:237858/66‑1 (MQ=255)               cGTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:1434160/53‑1 (MQ=255)                gTGAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCTGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:69807/52‑1 (MQ=255)                  gAGTTTGAGTGCAGAGTCGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGc  <  1:57103/50‑1 (MQ=255)                                  |                                  TTACCCACCACAACCGTGAGTTTGAGTGCAGAGACGCTGCCGGATGTGCAGGCAGGATCGGTAGTGC  >  minE/1222959‑1223025

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑