| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,496,561 | C→T | 100% | M327I (ATG→ATA) | nuoF ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,496,561 | 0 | C | T | 95.9% | 256.1 / 1.1 | 73 | M327I (ATG→ATA) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base T (70/0); total (70/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCG > minE/1496512‑1496619 | ctTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:40483/67‑1 (MQ=255)ctTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:1733871/67‑1 (MQ=255)ctTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTAcc < 1:1911982/67‑1 (MQ=255) ctaCCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:621202/3‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTGCCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1757089/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGaa > 1:1679151/1‑58 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1707263/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1067841/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:760292/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:736602/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1804731/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1848736/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1880815/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:2054143/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:2070931/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:225919/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:242044/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:313149/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:343993/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:354720/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:405756/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:405951/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1043230/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1208490/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:990739/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:971630/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1298446/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:969265/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1318228/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1114105/1‑62 (MQ=255) cAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTcc > 1:1427194/1‑62 (MQ=255) 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1:444591/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:979214/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:503258/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:5035/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:523797/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:958823/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:925524/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:787112/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:762155/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1704432/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1128039/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1176336/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:120751/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1273224/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1301538/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1334094/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1341575/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1462770/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1629459/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:163764/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:43423/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:171018/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1744318/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1752645/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:1923331/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:2049861/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:2106353/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:270076/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:271985/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:354642/1‑62 (MQ=255) ccGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATc > 1:415838/1‑62 (MQ=255) | CTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCG > minE/1496512‑1496619 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |