Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,598,488	C→T	35.9%	A60A (GCG→GCA)	yfeT ←	predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,598,488	0	C	T	35.9%	40.5 / 36.7	39	A60A (GCG→GCA)	yfeT	predicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (21/4);  new base T (7/7);  total (28/11)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.31e-02
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAC  >  minE/1598444‑1598514                                             |                           cTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAtt      <  1:878918/67‑1 (MQ=255) cTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAAtt      <  1:788025/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:932930/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:612233/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:1202035/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:254537/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:101186/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:416156/67‑1 (MQ=255)   gTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:183970/67‑1 (MQ=255)    tATTCGCCTATTTACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:1889825/66‑1 (MQ=255)     aTTCGCCTTTTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:3807/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:234146/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:261298/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:2038252/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1819306/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:175313/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:120164/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    >  1:812395/1‑65 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:501691/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1049370/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:910352/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:8807/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1093536/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:853758/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:844858/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:809543/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1107268/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:784811/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:562836/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1869112/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1300878/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1521428/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:340072/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1764917/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:252921/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:2029764/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:1925231/1‑67 (MQ=255)     aTTCGCCTATTAACGCCAAACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc  >  1:233162/1‑67 (MQ=255)                        aCGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTc    <  1:1825778/46‑1 (MQ=255)                                             |                           CTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAC  >  minE/1598444‑1598514

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑