| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,101,664 | A→C | 7.4% | T432T (ACA→ACC) | garD → | (D)‑galactarate dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,101,664 | 0 | A | C | 7.4% | 131.1 / 7.5 | 54 | T432T (ACA→ACC) | garD | (D)‑galactarate dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/30); new base C (2/2); total (22/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
GATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGC > minE/2101594‑2101732 | gATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATcaca < 1:738757/71‑1 (MQ=255) ttACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGTTGGCTTCGGGTATCACAg > 1:2598000/1‑65 (MQ=255) ttACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGTTGGCTTCGGGTATCACAg > 1:2603105/1‑65 (MQ=255) ttACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAg > 1:1114979/1‑65 (MQ=255) ttACGCCGCGACGCCAGCCAGAGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAg > 1:3391826/1‑65 (MQ=255) tACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAgt > 1:582003/1‑71 (MQ=255) tACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAgt > 1:1604153/1‑71 (MQ=255) tACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAg < 1:2361516/70‑1 (MQ=255) tACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAg > 1:3109369/1‑70 (MQ=255) gcgACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTAc < 1:441530/71‑1 (MQ=255) cGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGAcc < 1:3417111/71‑1 (MQ=255) gccagcGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCg < 1:3457312/71‑1 (MQ=255) cagcGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCATGTGTTTACGACCGGTCGTg > 1:1382319/1‑71 (MQ=255) cagcGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTg > 1:1731964/1‑71 (MQ=255) agcGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTgg > 1:3526576/1‑71 (MQ=255) agcGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTgg < 1:3107926/71‑1 (MQ=255) agcGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTgg < 1:581199/71‑1 (MQ=255) cGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTgg < 1:2841197/69‑1 (MQ=255) ttttGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGc > 1:928700/1‑71 (MQ=255) ttttGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGc > 1:1770688/1‑71 (MQ=255) tttGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGcc > 1:1576765/1‑71 (MQ=255) tGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCg < 1:2345365/70‑1 (MQ=255) tGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCg < 1:43194/70‑1 (MQ=255) tGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCg < 1:1475489/70‑1 (MQ=255) tGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCg < 1:2148907/70‑1 (MQ=255) tCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTa < 1:3625847/70‑1 (MQ=255) cTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACg > 1:2638755/1‑71 (MQ=255) cTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACg > 1:1449429/1‑71 (MQ=255) tgtgGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACgg > 1:4002875/1‑71 (MQ=255) gCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCt < 1:412871/70‑1 (MQ=255) cACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGa < 1:18497/71‑1 (MQ=255) aCAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCgg > 1:2807324/1‑71 (MQ=255) aGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTAc > 1:2939216/1‑56 (MQ=255) aGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTAc > 1:3046866/1‑56 (MQ=255) ggTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCt < 1:1985168/60‑1 (MQ=255) ggTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCt < 1:335594/60‑1 (MQ=255) ggTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCt < 1:1921456/60‑1 (MQ=255) ggTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTAc < 1:1169908/71‑1 (MQ=255) gTGGCTTCGGGTATCACCGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTg < 1:467218/60‑1 (MQ=255) gTGGCTTCGGGTATCACCGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTg < 1:2037612/60‑1 (MQ=255) tGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTAccc < 1:4046294/71‑1 (MQ=255) ggCTTCGGGTATCACCGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGAt > 1:54345/1‑60 (MQ=255) ggCTTCGGGTATCACCGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGAt > 1:3597714/1‑60 (MQ=255) ttCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGa > 1:3288770/1‑56 (MQ=255) gggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTa < 1:4071735/71‑1 (MQ=255) gggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTa < 1:3172551/71‑1 (MQ=255) gggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGGGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTa < 1:2208619/71‑1 (MQ=255) ggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCg < 1:4034204/42‑1 (MQ=255) ggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTaa < 1:113842/71‑1 (MQ=255) ggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTaa < 1:885132/71‑1 (MQ=255) ggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTaa < 1:1154002/71‑1 (MQ=255) ggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTaa < 1:2538263/71‑1 (MQ=255) ggTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTa < 1:3172106/70‑1 (MQ=255) gTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTaaa < 1:1786760/71‑1 (MQ=255) tCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATg < 1:699130/71‑1 (MQ=255) acaGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATgg < 1:1429855/70‑1 (MQ=255) acaGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATgg > 1:1298492/1‑70 (MQ=255) acaGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATgg > 1:3304448/1‑70 (MQ=255) caGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGc > 1:3726696/1‑70 (MQ=255) aGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCt < 1:3191337/42‑1 (MQ=255) | GATTAATTTACGCCGCGACGCCAGCCAGCGATTTTGTCTGTGGCACGCAACAGGTGGCTTCGGGTATCACAGTGCAAGTGTTTACGACCGGTCGTGGTACGCCGTACGGCCTGATGGCGGTACCCGTCATTAAAATGGC > minE/2101594‑2101732 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |