| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,168,110 | G→A | 5.3% | R61Q (CGA→CAA) | yrbK → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,168,110 | 0 | G | A | 5.3% | 317.4 / 5.3 | 96 | R61Q (CGA→CAA) | yrbK | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/42); new base A (3/2); total (51/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 | |||||||||||
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
ATCCCACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTAC > minE/2168044‑2168179 | aTCCCACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgatt < 1:3700301/70‑1 (MQ=255)aTCCCACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgatt < 1:2410259/70‑1 (MQ=255) cccACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattgat > 1:2570456/1‑71 (MQ=255) cccACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattgat > 1:3642426/1‑71 (MQ=255) cccACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattgat > 1:2093670/1‑71 (MQ=255) ataAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCaa > 1:2797023/1‑71 (MQ=255) taAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCaa > 1:2805253/1‑70 (MQ=255) taAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCaa < 1:3747889/70‑1 (MQ=255) taAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCa < 1:2462704/69‑1 (MQ=255) aaaGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAaca < 1:1684545/70‑1 (MQ=255) aGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGaa < 1:2324060/71‑1 (MQ=255) aGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGaa < 1:3826743/71‑1 (MQ=255) aGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGaa < 1:4138536/71‑1 (MQ=255) aGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGaa < 1:446865/71‑1 (MQ=255) cATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattga > 1:2283406/1‑52 (MQ=255) cATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattga > 1:744608/1‑52 (MQ=255) aCGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:4007687/1‑71 (MQ=255) cGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat < 1:2619735/71‑1 (MQ=255) cGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat > 1:3499058/1‑71 (MQ=255) cGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat > 1:655616/1‑71 (MQ=255) cGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat > 1:2814694/1‑71 (MQ=255) acGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCAATCAATCGATAGCtta > 1:3082134/1‑48 (MQ=21) acGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCAATCAATCGATAGCtta > 1:1692159/1‑48 (MQ=21) gCTCTTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAat > 1:635203/1‑59 (MQ=255) gCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattg < 1:3669022/40‑1 (MQ=255) gCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattg < 1:1474242/40‑1 (MQ=255) gCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattg < 1:456039/40‑1 (MQ=255) gCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCgattg < 1:2472736/40‑1 (MQ=255) gCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGAt > 1:2541305/1‑70 (MQ=255) cTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAata < 1:2222012/59‑1 (MQ=255) cTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCa < 1:300955/71‑1 (MQ=255) tCTATAACCCAGATGGGGCAGTAAGCTATCTATTGATTGCTCAACACGTTGaa < 1:1314353/53‑1 (MQ=255) tataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:3154849/1‑56 (MQ=255) tataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:3160071/1‑56 (MQ=255) tataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:3547120/1‑56 (MQ=255) tataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:890936/1‑56 (MQ=255) tataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:3141869/1‑56 (MQ=255) ataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGtt > 1:4187689/1‑71 (MQ=255) ataACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGtt > 1:2752850/1‑71 (MQ=255) aaCCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATCCCGATCAGGCCGTTTc > 1:1346671/1‑71 (MQ=255) aCCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCg < 1:2908913/71‑1 (MQ=255) gAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGtt < 1:3100886/71‑1 (MQ=255) aaGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAg < 1:3205267/56‑1 (MQ=255) aaGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAg < 1:675807/56‑1 (MQ=255) aaGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAg < 1:1643106/56‑1 (MQ=255) aGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:2901300/1‑45 (MQ=255) aGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:295164/1‑45 (MQ=255) aGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:1427102/1‑45 (MQ=255) aGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:1006318/1‑45 (MQ=255) aGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa < 1:1780166/71‑1 (MQ=255) ggggCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGc > 1:394922/1‑56 (MQ=255) cACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTc < 1:2121294/58‑1 (MQ=255) cTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatt > 1:3966166/1‑37 (MQ=255) cTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCa < 1:3172701/68‑1 (MQ=255) cTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGcc < 1:3742572/71‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCg < 1:1933912/42‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCg < 1:3141003/42‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCg < 1:1828210/42‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc < 1:2660513/64‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc < 1:301122/64‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc < 1:1070935/64‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc < 1:2737450/64‑1 (MQ=255) tAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGc < 1:2417732/69‑1 (MQ=255) aaGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGAt > 1:974385/1‑43 (MQ=255) aaGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGAt > 1:1291154/1‑43 (MQ=255) aaGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGAt > 1:17617/1‑43 (MQ=255) aaGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCgg > 1:2462023/1‑71 (MQ=255) aaGCTATCGATTGATTGCTCAACACGGTGAATATTATTCCGAt > 1:3949919/1‑43 (MQ=255) aGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat > 1:2288682/1‑36 (MQ=255) aGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat > 1:2704530/1‑36 (MQ=255) aGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCgg > 1:673387/1‑70 (MQ=255) gCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTa > 1:4186265/1‑71 (MQ=255) cTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGttt < 1:1776336/58‑1 (MQ=255) cTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGttt < 1:1587291/58‑1 (MQ=255) aTCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTcc < 1:394121/35‑1 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCg < 1:2891563/49‑1 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCg < 1:3316036/49‑1 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:1118355/1‑56 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTATGCAGCCGGTACt < 1:2737058/69‑1 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACtt < 1:3416076/70‑1 (MQ=255) tCGATT‑ATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGt < 1:2756013/65‑1 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:1037721/1‑55 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:2855176/1‑55 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:3723140/1‑55 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCa > 1:2782975/1‑37 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCa > 1:2006625/1‑37 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCa > 1:2378914/1‑37 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGc > 1:2872066/1‑40 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGt > 1:3241793/1‑48 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGt > 1:666930/1‑48 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTg > 1:3101474/1‑49 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTg > 1:1878678/1‑49 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTg > 1:2583402/1‑49 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc > 1:2574084/1‑55 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc > 1:4190408/1‑55 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc > 1:3021474/1‑55 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTAc > 1:388965/1‑70 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTAc < 1:407520/70‑1 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAAAATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTAc > 1:1483548/1‑55 (MQ=255) gattgattGCTCAAAACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTAc > 1:3857064/1‑70 (MQ=255) | ATCCCACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTAC > minE/2168044‑2168179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |