| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,168,117 | T→A | 5.2% | I63I (ATT→ATA) | yrbK → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,168,117 | 0 | T | A | 5.2% | 276.1 / 6.1 | 96 | I63I (ATT→ATA) | yrbK | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/43); new base A (3/2); total (51/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
ACCTATAAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACTTACCAC > minE/2168049‑2168182 | ataAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCaa > 1:2797023/1‑71 (MQ=255) taAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCaa < 1:3747889/70‑1 (MQ=255) taAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCaa < 1:295165/70‑1 (MQ=255) taAAAGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCa < 1:2462704/69‑1 (MQ=255) aaaGCGAGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAaca < 1:1684545/70‑1 (MQ=255) aGCATACGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGaa < 1:2324060/71‑1 (MQ=255) aCGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtatta > 1:4007687/1‑71 (MQ=255) cGGACACGCTCGTCTATAACCCAGAAGGGGCACTAAGCTATCGATTGATTGCTCAACACGTTGAAtattat > 1:3499058/1‑71 (MQ=255) 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tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:1118355/1‑56 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:2880711/1‑56 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:1803923/1‑56 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTATGCAGCCGGTACt < 1:2737058/69‑1 (MQ=255) tCGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGTACtt < 1:3416076/70‑1 (MQ=255) tCGATT‑ATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTACGCAGCCGGt < 1:2756013/65‑1 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:3723140/1‑55 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:660283/1‑55 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:2855176/1‑55 (MQ=255) cGATTGATTGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCAGGCCGTTTCGTGGTTTa > 1:1037721/1‑55 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCa > 1:3059440/1‑37 (MQ=255) gattgattGCTCAACACGTTGAATATTATTCCGATCa > 1:3802804/1‑37 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |