| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 286,800 | T→C | 46.7% | P302P (CCT→CCC) | clpX → | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 286,800 | 0 | T | C | 46.7% | 9.4 / 108.7 | 75 | P302P (CCT→CCC) | clpX | ATPase and specificity subunit of ClpX‑ClpP ATP‑dependent serine protease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (12/28); new base C (11/24); total (23/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CAAAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAT > minE/286731‑286862 | cAAAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCt < 1:3409380/70‑1 (MQ=255) gcaagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:1096315/71‑1 (MQ=255) gcaagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:3348844/71‑1 (MQ=255) caagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGttt < 1:2811917/71‑1 (MQ=255) caagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:2251999/71‑1 (MQ=255) aagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGttt < 1:1346751/70‑1 (MQ=255) aagcGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTa < 1:1295172/71‑1 (MQ=255) ggCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGgtcg > 1:2935032/1‑71 (MQ=255) ggCGAGCTGCTGGCGAAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGgtcg > 1:2074069/1‑71 (MQ=255) ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:3434648/1‑59 (MQ=255) ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:1951628/1‑59 (MQ=255) ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:3162223/1‑59 (MQ=255) ctgGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTgg > 1:1036744/1‑59 (MQ=255) ggCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:4135270/51‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:2113395/69‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGt < 1:3039690/71‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGt < 1:2899314/71‑1 (MQ=255) gcgcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGt < 1:72187/71‑1 (MQ=255) gcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCg > 1:2648309/1‑71 (MQ=255) gcAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGCTCTTATCCCTGAGTTTATTGgt > 1:1468626/1‑55 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCaa < 1:2976105/70‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCaa < 1:1707884/70‑1 (MQ=255) gTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCaa < 1:3058952/70‑1 (MQ=255) ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:2910860/71‑1 (MQ=255) ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:3040165/71‑1 (MQ=255) ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:2884014/71‑1 (MQ=255) ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:4068550/71‑1 (MQ=255) ttGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACg < 1:1723441/71‑1 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGta > 1:445481/1‑63 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2530837/1‑71 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:1280655/1‑71 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:533128/1‑71 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:3231347/1‑71 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:3856436/1‑71 (MQ=255) tGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2984653/1‑71 (MQ=255) gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:4156402/44‑1 (MQ=255) gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:119846/44‑1 (MQ=255) gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:491802/44‑1 (MQ=255) gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2053525/44‑1 (MQ=255) gAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTAt < 1:2118780/44‑1 (MQ=255) aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:296228/70‑1 (MQ=255) aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:1395413/70‑1 (MQ=255) aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:222686/70‑1 (MQ=255) aaCCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtg < 1:306765/71‑1 (MQ=255) cGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:2221526/38‑1 (MQ=255) cGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:3312306/38‑1 (MQ=255) ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:3818388/71‑1 (MQ=255) ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:2834914/71‑1 (MQ=255) ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatg < 1:2563/71‑1 (MQ=255) ggAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGttt < 1:2473368/37‑1 (MQ=255) gAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGtt < 1:835400/35‑1 (MQ=255) aaGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTtgaatgaa < 1:3509992/71‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:3062387/55‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:662097/55‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2579115/55‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:3708939/55‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2472368/55‑1 (MQ=255) aTCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGc < 1:2123668/55‑1 (MQ=255) tCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACt > 1:378033/1‑69 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCgg > 1:3341466/1‑46 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGt > 1:598407/1‑47 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGt > 1:4158732/1‑47 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2551714/1‑58 (MQ=255) cTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:2379429/1‑58 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:2396040/71‑1 (MQ=255) aTCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCga < 1:3209006/71‑1 (MQ=255) tCAAGTTTGGTCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCgaa < 1:2958159/71‑1 (MQ=255) aaGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:1246927/42‑1 (MQ=255) aaGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGtt < 1:1075005/42‑1 (MQ=255) tCTTATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGa < 1:1559331/71‑1 (MQ=255) cTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTTAGCgaaga < 1:142989/62‑1 (MQ=255) ttATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGtt < 1:3713241/43‑1 (MQ=255) ttATCCCCGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGt > 1:1347115/1‑42 (MQ=255) aTCCCTTAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAt < 1:457535/68‑1 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGctc > 1:3497640/1‑64 (MQ=255) aTCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAt < 1:1398101/68‑1 (MQ=255) | CAAAGCAAGCGAAGGCGAGCTGCTGGCGCAGGTTGAACCGGAAGATCTGATCAAGTTTGGTCTTATCCCTGAGTTTATTGGTCGTCTGCCGGTTGTCGCAACGTTGAATGAACTGAGCGAAGAAGCTCTGAT > minE/286731‑286862 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |