| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,523,040 | T→C | 39.7% | K225K (AAA→AAG) | dinD ← | DNA‑damage‑inducible protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,523,040 | 0 | T | C | 39.7% | 74.2 / 141.4 | 116 | K225K (AAA→AAG) | dinD | DNA‑damage‑inducible protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (34/36); new base C (28/18); total (62/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TTCCGCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGATTAGCCGCCAGTT > minE/2522970‑2523110 | ttCCGCCAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGt < 1:1094105/71‑1 (MQ=255) ccAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg > 1:2340578/1‑70 (MQ=255) ccAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg > 1:2322740/1‑70 (MQ=255) ccAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg > 1:1984380/1‑70 (MQ=255) ccAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTg > 1:1644447/1‑70 (MQ=255) ccAAGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGa < 1:3639717/71‑1 (MQ=255) aaGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAAt < 1:3118124/71‑1 (MQ=255) aaGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAAt < 1:3629906/71‑1 (MQ=255) aGTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAAtt < 1:3451838/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTTTTTTGAATTc < 1:3049806/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:2303750/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:367643/71‑1 (MQ=255) gTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAAtt > 1:1838999/1‑70 (MQ=255) gTTCCTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAAt < 1:495667/69‑1 (MQ=255) gTTCCTGAATGGTTCGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAAtt > 1:1179816/1‑70 (MQ=255) ccTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACg > 1:1764937/1‑71 (MQ=255) ccTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACg > 1:2670103/1‑71 (MQ=255) ccTGAATGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACg > 1:3330004/1‑71 (MQ=255) aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGTTGCTTTGAATTCACGCCAt < 1:1710701/71‑1 (MQ=255) aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCAt > 1:1335684/1‑71 (MQ=255) aaTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCAt < 1:3353939/71‑1 (MQ=255) aTGGTTTGCCTCACGTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATc > 1:3473887/1‑71 (MQ=255) aTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATc > 1:4256393/1‑71 (MQ=255) aTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATc > 1:2753352/1‑71 (MQ=255) aTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATc > 1:663122/1‑71 (MQ=255) aTGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATc > 1:3328862/1‑71 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGa > 1:1547518/1‑58 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGa > 1:3045744/1‑58 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGa > 1:4024041/1‑58 (MQ=255) tGGTTTGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGa > 1:3721834/1‑58 (MQ=255) tGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc < 1:240566/57‑1 (MQ=255) tGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa > 1:1534713/1‑54 (MQ=255) tGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa > 1:1553569/1‑54 (MQ=255) tGCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCtt > 1:1274790/1‑71 (MQ=255) gCCTCACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTg < 1:2357272/51‑1 (MQ=255) cACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTc > 1:4247704/1‑52 (MQ=255) cACCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATcc > 1:4128267/1‑61 (MQ=255) aCCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGttt > 1:3356588/1‑71 (MQ=255) aCCTTGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGttt > 1:3810483/1‑71 (MQ=255) 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(MQ=255) tGCGACCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTttct > 1:4107078/1‑71 (MQ=255) aCCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:1987781/71‑1 (MQ=255) aCCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:2597718/71‑1 (MQ=255) aCCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:673518/71‑1 (MQ=255) aCCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:406472/71‑1 (MQ=255) aCCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:1185110/71‑1 (MQ=255) aCCCACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:2312485/71‑1 (MQ=255) cACGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATc > 1:2809559/1‑48 (MQ=255) aCGTCAAAGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGaa > 1:3407135/1‑36 (MQ=255) aaaGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGtt > 1:798136/1‑64 (MQ=255) aaaGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGtt > 1:2828514/1‑64 (MQ=255) aGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTg < 1:3371718/60‑1 (MQ=255) aGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCt > 1:1097224/1‑71 (MQ=255) aGTGTGTGGTGTTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCt < 1:2566380/71‑1 (MQ=255) tgtgtgGTGTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTtcttct < 1:308349/57‑1 (MQ=255) gtggtgTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTg < 1:3528190/59‑1 (MQ=255) ggtgTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg > 1:3305372/1‑59 (MQ=255) ggtgTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg > 1:1147396/1‑59 (MQ=255) ggtgTTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTggg > 1:1360542/1‑59 (MQ=255) gtgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:3187020/70‑1 (MQ=255) tgtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAgaga < 1:1927739/71‑1 (MQ=255) tgtTTGCTTGCTGCTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAgaga < 1:428704/71‑1 (MQ=255) gtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAatag < 1:1459640/69‑1 (MQ=255) gtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAagag < 1:2036296/69‑1 (MQ=255) gtTTGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAagag < 1:1220384/69‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTc > 1:249922/1‑61 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAagag < 1:2326651/68‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:1175968/67‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAaga < 1:142538/67‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt < 1:3148008/70‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt < 1:2814244/70‑1 (MQ=255) tttGCTTGCTGTTTTGAATTCACGCCATCCCGCTTGAGTTTTTCTTCTGTTTGGGTAGCTCGAAAGAGAt < 1:17366/70‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |