| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,530,398 | G→A | 31.7% | A26T (GCA→ACA) | mutM → | formamidopyrimidine/5‑formyluracil/ 5‑hydroxymethyluracil DNA glycosylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,530,398 | 0 | G | A | 31.7% | 113.6 / 72.2 | 82 | A26T (GCA→ACA) | mutM | formamidopyrimidine/5‑formyluracil/ 5‑hydroxymethyluracil DNA glycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (35/21); new base A (10/16); total (45/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.69e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
TTACCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGACCAACCA > minE/2530332‑2530466 | ttACCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAgt > 1:2497750/1‑71 (MQ=255)ttACCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAgt < 1:2973796/71‑1 (MQ=255) aCCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAgtgg > 1:3477723/1‑71 (MQ=255) aCCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAgtgg > 1:3576380/1‑71 (MQ=255) aCCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAgtgg > 1:2108787/1‑71 (MQ=255) cccGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAgtggt < 1:552539/71‑1 (MQ=255) gAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTgcg > 1:2202053/1‑71 (MQ=255) gAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTgcg > 1:32944/1‑71 (MQ=255) gAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTgcg > 1:750653/1‑71 (MQ=255) gAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTgcg > 1:1066829/1‑71 (MQ=255) aaGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTgcgc < 1:470584/71‑1 (MQ=255) aaGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTgcgc < 1:3514933/71‑1 (MQ=255) aGTTGAAACCAGCCGCCGCGTCATATAACAGCATCTCGTTGTTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTgcgc < 1:1801463/70‑1 (MQ=255) gTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCaa > 1:4007178/1‑71 (MQ=255) gTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCaa > 1:2737875/1‑71 (MQ=255) gAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACa > 1:2820081/1‑57 (MQ=255) gAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACa > 1:2478916/1‑57 (MQ=255) aaaCCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCACCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGa > 1:2596548/1‑71 (MQ=255) aaaCCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGa > 1:3997836/1‑71 (MQ=255) aaCCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTgcgc < 1:3498619/64‑1 (MQ=255) aaCCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTgcgc < 1:3738305/64‑1 (MQ=255) aCCAGCCGCCGCGGCATAGAACCTCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCa < 1:1064689/64‑1 (MQ=255) aCCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCa < 1:1851224/64‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGc < 1:3613980/71‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACTGACGc < 1:3187674/71‑1 (MQ=255) ccAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGc < 1:3615511/71‑1 (MQ=255) cAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATg < 1:1135030/50‑1 (MQ=255) cAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCt < 1:2538784/71‑1 (MQ=255) gAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAgtgg > 1:2801640/1‑40 (MQ=255) aCCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGttt > 1:260079/1‑68 (MQ=255) aCCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGttt > 1:2822094/1‑68 (MQ=255) cGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCagaa < 1:1992672/71‑1 (MQ=255) cGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCagaa < 1:1172313/71‑1 (MQ=255) gCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag > 1:438305/1‑68 (MQ=255) gCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag > 1:812496/1‑68 (MQ=255) gCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag > 1:3058828/1‑68 (MQ=255) gCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag > 1:1244722/1‑68 (MQ=255) gCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag < 1:1139527/68‑1 (MQ=255) tctcGTTGTTGCAAGCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCt < 1:1067393/47‑1 (MQ=255) tctcGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCt < 1:3005654/47‑1 (MQ=255) tctcGTTGGTCCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCt < 1:86354/47‑1 (MQ=255) tcGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCagaa > 1:3697855/1‑65 (MQ=255) tcGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCagaa > 1:3440964/1‑65 (MQ=255) tcGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc > 1:1508349/1‑71 (MQ=255) tcGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc > 1:2856275/1‑71 (MQ=255) tcGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc > 1:746046/1‑71 (MQ=255) tcGTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTATCAGAAGAGATc > 1:2636527/1‑71 (MQ=255) acGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCagaa > 1:3296777/2‑65 (MQ=255) gTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGAt < 1:140652/68‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGAt < 1:2911841/68‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGAt < 1:3767431/68‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc < 1:2912198/69‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc < 1:2247382/69‑1 (MQ=255) gTTGGTGCAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc < 1:3226004/69‑1 (MQ=255) cAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGttt < 1:435691/70‑1 (MQ=255) cAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGttt < 1:4241000/70‑1 (MQ=255) cAACCATTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGttt < 1:748954/70‑1 (MQ=255) aaCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTaa < 1:2881862/71‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCagaaga < 1:2693151/56‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag < 1:1522216/52‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag < 1:803010/52‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag < 1:1969237/52‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag < 1:2389473/52‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCag < 1:3161933/52‑1 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAg > 1:3803878/1‑71 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAg > 1:323938/1‑71 (MQ=255) aCCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAg > 1:688041/1‑71 (MQ=255) cATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGc > 1:2359781/1‑70 (MQ=255) cATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGc > 1:3822405/1‑70 (MQ=255) cATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGc > 1:2394443/1‑70 (MQ=255) cATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGc > 1:1692397/1‑70 (MQ=255) cATACTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGt > 1:1923245/1‑64 (MQ=255) aTTCTTCATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGa > 1:1149244/1‑71 (MQ=255) ttcttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGac > 1:3334752/1‑71 (MQ=255) ttcttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGac > 1:3844271/1‑71 (MQ=255) tcttcATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGGGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATc < 1:2425820/55‑1 (MQ=255) cttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAgagaa > 1:287305/1‑52 (MQ=255) cttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGacc > 1:4049322/1‑70 (MQ=255) cttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGacc > 1:285645/1‑70 (MQ=255) cttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGacc > 1:2946017/1‑70 (MQ=255) cttcATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGa > 1:1653575/1‑68 (MQ=255) tcATACAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGaccaac > 1:3768832/1‑71 (MQ=255) aTGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGaccaacca < 1:1784441/71‑1 (MQ=255) | TTACCCGAAGTTGAAACCAGCCGCCGCGGCATAGAACCGCATCTCGTTGGTGCAACCATTCTTCATGCAGTGGTGCGCAACGGACGCTTGCGCTGGCCGGTTTCAGAAGAGATCTACCGTTTAAGCGACCAACCA > minE/2530332‑2530466 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |