| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,971,396 | T→C | 28.4% | V71A (GTG→GCG) | serB → | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,971,396 | 0 | T | C | 28.4% | 107.9 / 58.7 | 74 | V71A (GTG→GCG) | serB | 3‑phosphoserine phosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/39); new base C (10/11); total (24/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.65e-01 | |||||||||||
ATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGA > minE/2971327‑2971462 | aTAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:734801/1‑71 (MQ=255)aTAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:283161/1‑71 (MQ=255)aTAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTg > 1:2485468/1‑71 (MQ=255) aaaCAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCgg > 1:789965/1‑70 (MQ=255) aaaCAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCgg > 1:3501026/1‑70 (MQ=255) acaacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTgg > 1:2287300/1‑68 (MQ=255) caacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTgg > 1:151044/1‑67 (MQ=255) caacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGa < 1:3046416/71‑1 (MQ=255) caacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGACTGGTGCGCGGAAGa < 1:2222921/71‑1 (MQ=255) aacGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAt > 1:302939/1‑71 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCTTGGAAGAtt < 1:2716858/71‑1 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAtt < 1:1098208/71‑1 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAtt < 1:3565546/71‑1 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAtt < 1:3498256/71‑1 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAtt < 1:2289628/71‑1 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAt > 1:3388446/1‑70 (MQ=255) acGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAt > 1:3082391/1‑70 (MQ=255) cGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTa < 1:3942415/71‑1 (MQ=255) cccAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATc < 1:1286979/66‑1 (MQ=255) aCCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCg < 1:30714/70‑1 (MQ=255) cAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:728032/1‑60 (MQ=255) cAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAg > 1:2494904/1‑60 (MQ=255) agagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTg > 1:171226/1‑71 (MQ=255) agagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTg > 1:1182101/1‑71 (MQ=255) gagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAt < 1:1188015/52‑1 (MQ=255) gagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTgg < 1:2938993/71‑1 (MQ=255) gagCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTT‑‑‑GCCTGGTGCGTGGAAGAt < 1:4213070/49‑1 (MQ=37) gCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTgg > 1:329391/1‑69 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg > 1:2173827/1‑71 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg > 1:3295890/1‑71 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg > 1:3244136/1‑71 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg > 1:1708390/1‑71 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGAAg > 1:2281378/1‑71 (MQ=255) cAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTCGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg < 1:3852059/71‑1 (MQ=255) aaaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg < 1:4060319/70‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGt < 1:1425864/71‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGt < 1:2884615/71‑1 (MQ=255) tGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtca > 1:4047726/1‑71 (MQ=255) ggTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac < 1:1946385/70‑1 (MQ=255) ggTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac < 1:2220360/70‑1 (MQ=255) ggTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac < 1:2280042/70‑1 (MQ=255) ggTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGAATATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTtcac < 1:1773869/70‑1 (MQ=255) ggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGgatgat < 1:4149118/37‑1 (MQ=255) ggcgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCg < 1:491894/71‑1 (MQ=255) cgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCa < 1:2065847/71‑1 (MQ=255) cgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCa > 1:1156943/1‑71 (MQ=255) cgATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCa < 1:1676231/71‑1 (MQ=255) tGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAg < 1:2599481/54‑1 (MQ=255) tGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGc < 1:2078224/67‑1 (MQ=255) gTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTATGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGc < 1:4162751/71‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGc < 1:3194760/47‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGc < 1:267498/47‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:53667/70‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:1096078/70‑1 (MQ=255) ttgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACggg < 1:1725065/66‑1 (MQ=255) ttgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACggg < 1:1398088/66‑1 (MQ=255) ttgttgCCGCCTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTa < 1:1996039/69‑1 (MQ=255) ccgcgTGGTGGGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCt < 1:4259806/37‑1 (MQ=38) ccgccTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCt < 1:1239823/70‑1 (MQ=255) ccTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCAc > 1:3567752/1‑54 (MQ=255) ccTGGTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCAc > 1:2931361/1‑54 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:816385/60‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:1116524/60‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:3185869/60‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:135380/60‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:2588319/60‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:2214399/60‑1 (MQ=255) cTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGGTCACTCACCGCACGGGCTac < 1:1548799/60‑1 (MQ=255) gTGCGCGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCa < 1:3608997/69‑1 (MQ=255) tGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGa < 1:4053484/71‑1 (MQ=255) tGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGa < 1:1153265/71‑1 (MQ=255) tGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGa < 1:3524021/71‑1 (MQ=255) tGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGa < 1:1866788/71‑1 (MQ=255) tGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGa < 1:762311/71‑1 (MQ=255) | ATAAACAACGTCTGACCCAATACCAGAGCAAACTGGGTGCGGCGATGGTGATTGTTGCCGCCTGGTGCGTGGAAGATTATCAGGTGATTCGTCTGGCAGGTTCACTCACCGCACGGGCTACACGCCTGGCCCACGA > minE/2971327‑2971462 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |