| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 2,987,375 | A→G | 55.8% | A48A (GCA→GCG) | yjtD → | predicted rRNA methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 2,987,375 | 0 | A | G | 55.8% | 20.0 / 66.3 | 52 | A48A (GCA→GCG) | yjtD | predicted rRNA methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/12); new base G (6/23); total (17/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.26e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.91e-01 | |||||||||||
CGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAATCGTTACACGAT > minE/2987305‑2987441 | cGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGca < 1:938136/71‑1 (MQ=255)cGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGca < 1:334618/71‑1 (MQ=255)cGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGca < 1:3958997/71‑1 (MQ=255)cGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGca < 1:799155/71‑1 (MQ=255) gggTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATgt < 1:3847599/71‑2 (MQ=255) gggTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATgg < 1:2995660/71‑1 (MQ=255) ggTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGa < 1:161749/71‑1 (MQ=255) tttAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGcaca > 1:2785246/1‑65 (MQ=255) tttAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGcaca > 1:2425298/1‑65 (MQ=255) tAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGcgca > 1:2229696/1‑63 (MQ=255) tAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGcaca < 1:1330211/63‑1 (MQ=255) tAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGcaca < 1:449887/63‑1 (MQ=255) aGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGcaca < 1:3353995/62‑1 (MQ=255) aGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTg < 1:4120256/70‑1 (MQ=255) tCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGa > 1:2140511/1‑69 (MQ=255) tCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGa > 1:2687737/1‑69 (MQ=255) tCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGa > 1:2135403/1‑69 (MQ=255) tCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGa > 1:90424/1‑69 (MQ=255) tCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCAGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGa > 1:3922946/1‑69 (MQ=255) cGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGa < 1:2102966/65‑1 (MQ=255) ttGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGat < 1:127653/71‑1 (MQ=255) ttGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGat < 1:3282473/71‑1 (MQ=255) ttGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGa > 1:110735/1‑70 (MQ=255) gTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGata < 1:1743055/70‑1 (MQ=255) gTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGata < 1:3050313/70‑1 (MQ=255) tCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGataa < 1:195564/70‑1 (MQ=255) tCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGataa < 1:3408967/70‑1 (MQ=255) aGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGtt > 1:2033564/1‑71 (MQ=255) aGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGtt > 1:3097636/1‑71 (MQ=255) gCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGt < 1:840502/68‑1 (MQ=255) gCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGt < 1:1139391/68‑1 (MQ=255) gCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGt < 1:1623854/68‑1 (MQ=255) cacaCCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTc < 1:4030439/71‑1 (MQ=255) acacCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTc < 1:87918/70‑1 (MQ=255) acacCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGttt > 1:999177/1‑68 (MQ=255) cacCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATgg < 1:2876689/35‑1 (MQ=255) cacCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATgg < 1:3252201/35‑1 (MQ=255) cacCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATgg < 1:1663966/35‑1 (MQ=255) cTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGttt < 1:3651000/64‑1 (MQ=255) cTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGAc < 1:1462746/71‑1 (MQ=255) cTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGAc < 1:1466407/71‑1 (MQ=255) tGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGAc > 1:1414353/1‑70 (MQ=255) ggAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTc > 1:1053612/1‑64 (MQ=255) ggAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTc > 1:1104312/1‑64 (MQ=255) ggAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTc > 1:3938323/1‑64 (MQ=255) gccaCCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTg > 1:2291964/1‑70 (MQ=255) gccaCCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTg > 1:4170073/1‑70 (MQ=255) gccaCCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGa < 1:1784938/71‑1 (MQ=255) caCCCGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAAt > 1:1768466/1‑71 (MQ=255) caCCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAtt < 1:3794391/63‑1 (MQ=255) caCCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAtt < 1:1165552/63‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATCTTATTGATAATATTAAAGTTTTccc < 1:896601/55‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTccc < 1:2531674/55‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAt < 1:2277227/60‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAt < 1:2272216/60‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAt < 1:3177468/60‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAt < 1:1097249/60‑1 (MQ=255) cccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAt < 1:19219/60‑1 (MQ=255) ccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAATCGt < 1:4168786/71‑1 (MQ=255) ccGCTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAATCGt < 1:1542413/71‑1 (MQ=255) cTGGGTCGCGCATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACAt < 1:752703/56‑1 (MQ=255) tCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAATCGTTACACGAt > 1:122624/1‑71 (MQ=255) | CGATGGGGTTTAGCGATCTGCGGATTGTCGATAGTCAGGCACACCTGGAGCCAGCCACCCGCTGGGTCGCACATGGATCTGGTGATATTATTGATAATATTAAAGTTTTCCCGACATTGGCTGAATCGTTACACGAT > minE/2987305‑2987441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |