| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 374,214 | G→A | 57.4% | G355D (GGT→GAT) | fepE → | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 374,214 | 0 | G | A | 57.4% | 29.9 / 87.2 | 68 | G355D (GGT→GAT) | fepE | regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (15/14); new base A (19/20); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTT > minE/374150‑374282 | gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTTGCGt > 1:2466496/1‑71 (MQ=255)gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt > 1:2212197/1‑71 (MQ=255)gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt > 1:212143/1‑71 (MQ=255)gACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt > 1:4226407/1‑71 (MQ=255) ggTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCt < 1:3872437/71‑1 (MQ=255) ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGt > 1:2073981/1‑65 (MQ=255) ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGtt > 1:810062/1‑71 (MQ=255) ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGtt > 1:119698/1‑71 (MQ=255) ccGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGtt > 1:4060048/1‑71 (MQ=255) cGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTg < 1:1567107/71‑1 (MQ=255) cGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTg > 1:2363902/1‑71 (MQ=255) cGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTg > 1:2526054/1‑71 (MQ=255) gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc < 1:1007739/71‑1 (MQ=255) gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc < 1:2967370/71‑1 (MQ=255) gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTgcgc < 1:3607738/71‑1 (MQ=255) gTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTgcgc < 1:3294259/71‑1 (MQ=255) tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt > 1:3538105/1‑65 (MQ=255) tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt > 1:2329090/1‑65 (MQ=255) tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt > 1:2333564/1‑65 (MQ=255) tAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGt > 1:804535/1‑65 (MQ=255) aGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTa < 1:1953809/70‑1 (MQ=255) ggCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTa < 1:3087064/69‑1 (MQ=255) attattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGa < 1:1973239/70‑1 (MQ=255) ttattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATg < 1:2046740/71‑1 (MQ=255) tattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATgg > 1:1880578/1‑71 (MQ=255) tattGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATg < 1:1325950/70‑1 (MQ=255) ttGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCa < 1:288491/71‑1 (MQ=255) ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa > 1:1507182/1‑70 (MQ=255) ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa > 1:390443/1‑70 (MQ=255) ccTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGa > 1:2217754/1‑70 (MQ=255) tCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:2129557/69‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc < 1:83374/71‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:3131984/63‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:706150/63‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa < 1:1883821/63‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:1016132/61‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:2546689/61‑1 (MQ=255) ttGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaa < 1:2825385/61‑1 (MQ=255) tGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGc > 1:1082953/1‑70 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa > 1:1481131/1‑71 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa > 1:3834822/1‑71 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa > 1:1973327/1‑61 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa > 1:3023712/1‑61 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa > 1:2440516/1‑61 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa > 1:1658580/1‑61 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGaaaa > 1:1532421/1‑61 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa > 1:3497518/1‑71 (MQ=255) gATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCa > 1:2132587/1‑71 (MQ=255) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTtcgc < 1:2395478/39‑1 (MQ=38) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATgg < 1:2986889/49‑1 (MQ=255) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATgg < 1:1685953/49‑1 (MQ=255) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACATGATGCCat < 1:3726712/71‑1 (MQ=255) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACATGATGCCat < 1:3722008/71‑1 (MQ=255) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:3979834/71‑1 (MQ=255) aTCGGCGGGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:619008/71‑1 (MQ=255) tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATc > 1:3763711/1‑52 (MQ=255) tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat > 1:748618/1‑70 (MQ=255) tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat > 1:1405901/1‑70 (MQ=255) tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat > 1:679121/1‑70 (MQ=255) tCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCACAAAACAGGATGCCat > 1:1877398/1‑70 (MQ=255) ggcggGATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCatgat > 1:3734207/1‑71 (MQ=255) ctggATTGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:2067339/64‑1 (MQ=255) ggATGGTGGCTTGTGATGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCa < 1:1824449/71‑1 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:1303150/54‑1 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:4212638/54‑1 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:1332229/54‑1 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:3851667/54‑1 (MQ=255) ttGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:1659937/54‑1 (MQ=255) gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGtt > 1:1041197/1‑71 (MQ=255) gtggtgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGt < 1:700495/70‑1 (MQ=255) gtgatgGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCat < 1:504574/52‑1 (MQ=255) tggtggCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGttt < 1:2624625/71‑1 (MQ=255) | GACGGTCCGGGTAAGGCGATTATTGTGATCCTTTCCGCGTTGATCGGCGGGATGGTGGCTTGTGGTGGCGTGCTGTTGCGCTATGCGATGGCATCCAGAAAACAGGATGCCATGATGGCAGACCACTTAGTTT > minE/374150‑374282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |