| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 598,845 | C→T | 19.3% | I396I (ATC→ATT) | dmsA → | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 598,845 | 0 | C | T | 19.3% | 143.1 / 27.6 | 62 | I396I (ATC→ATT) | dmsA | dimethyl sulfoxide reductase, anaerobic, subunit A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/18); new base T (8/4); total (40/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 | |||||||||||
ATCGGTAGTACCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAA > minE/598777‑598907 | aTCGGTAGTACCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGc < 1:3815017/71‑1 (MQ=255)aTCGGTAGTACCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGc < 1:1305881/71‑1 (MQ=255) gtaCCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGc < 1:1670296/64‑1 (MQ=255) aCCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCaa > 1:2409917/1‑64 (MQ=255) aCCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCaa > 1:1907846/1‑64 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTg > 1:994773/1‑69 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGc > 1:3261058/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGc > 1:3964081/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc > 1:3913063/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc > 1:3477866/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc > 1:3562680/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc > 1:2389192/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc > 1:1908466/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc > 1:111035/1‑70 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCt < 1:4203872/71‑1 (MQ=255) ccAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCt < 1:3392669/71‑1 (MQ=255) aaaCCTGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGc < 1:4124510/68‑1 (MQ=255) ccGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTAtctc < 1:882983/71‑1 (MQ=255) ccGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTAtctc < 1:4213778/71‑1 (MQ=255) gTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc > 1:338468/1‑71 (MQ=255) tATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTTTCTCGATGCTg > 1:3917351/1‑70 (MQ=255) tATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTg > 1:3922170/1‑70 (MQ=255) cAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGa > 1:2685071/1‑71 (MQ=255) ggATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTGTCTCGATGCTGGCGATTCTGAc < 1:1264635/71‑1 (MQ=255) ggATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc < 1:3884109/58‑1 (MQ=255) ggATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc < 1:1496098/58‑1 (MQ=255) ggATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc < 1:3389157/58‑1 (MQ=255) ggATGGGGACCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGc < 1:550877/58‑1 (MQ=255) gATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGAcc > 1:896737/1‑71 (MQ=255) ggCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTg > 1:1057731/1‑63 (MQ=255) ggCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTg > 1:1346773/1‑63 (MQ=255) cGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGtt < 1:4024957/71‑1 (MQ=255) cAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg < 1:4018640/71‑1 (MQ=255) gTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAATGTTgg > 1:2477162/1‑67 (MQ=255) gTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg > 1:3892996/1‑67 (MQ=255) gTCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg > 1:2277685/1‑67 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTa < 1:3211205/71‑1 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTa < 1:3333015/71‑1 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATCGCACCCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTAtt > 1:774469/1‑70 (MQ=255) tCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTAtt > 1:715426/1‑70 (MQ=255) gCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGa > 1:2860113/1‑49 (MQ=255) gCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGa > 1:1312797/1‑49 (MQ=255) gCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGAc > 1:2091654/1‑50 (MQ=255) gCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGAc > 1:1312130/1‑50 (MQ=255) gCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGAc > 1:493722/1‑50 (MQ=255) gCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGAc > 1:3190157/1‑50 (MQ=255) cTAACGGTGAAATTGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGa < 1:475016/71‑1 (MQ=255) aCGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAgg > 1:928350/1‑70 (MQ=255) aCGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAgg > 1:410745/1‑70 (MQ=255) aCGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAgg > 1:1596694/1‑70 (MQ=255) cGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCa < 1:1072117/71‑1 (MQ=255) cGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCa < 1:1001962/71‑1 (MQ=255) cGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCa < 1:1609473/71‑1 (MQ=255) tGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCaa > 1:1708253/1‑69 (MQ=255) tGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCaa > 1:2682580/1‑69 (MQ=255) tGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCaa > 1:3142212/1‑69 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGAc > 1:195401/1‑38 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGtt > 1:2084105/1‑48 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGtt > 1:2714084/1‑48 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGtt > 1:3233452/1‑48 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTgg < 1:1263029/50‑1 (MQ=255) aTCGCAACCCGTGCTAACTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGtt > 1:2986050/1‑48 (MQ=255) | ATCGGTAGTACCAAACCGGCGTTTATCAGCCAGGGATGGGGCCCGCAGCGTCACGCTAACGGTGAAATCGCAACCCGTGCTATCTCGATGCTGGCGATTCTGACCGGTAACGTTGGTATTAACGGAGGCAA > minE/598777‑598907 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |