| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 696,779 | C→T | 52.1% | P262L (CCC→CTC) | appB → | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 696,779 | 0 | C | T | 52.1% | 3.1 / 104.6 | 71 | P262L (CCC→CTC) | appB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/15); new base T (18/19); total (37/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.73e-01 | |||||||||||
CAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTA > minE/696714‑696842 | cAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGttt > 1:3226484/1‑71 (MQ=255)cAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGttt > 1:2900686/1‑71 (MQ=255)cAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGttt > 1:3079784/1‑71 (MQ=255)cAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGttt > 1:3729059/1‑71 (MQ=255) tCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGtt < 1:1023662/67‑1 (MQ=255) tCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGtt < 1:2620813/67‑1 (MQ=255) tCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGtt < 1:1087655/67‑1 (MQ=255) ccGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGtt < 1:1770122/66‑1 (MQ=255) cGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTgg < 1:3607219/71‑1 (MQ=255) ttAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGa > 1:2921929/1‑70 (MQ=255) ttAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGAt > 1:2875068/1‑71 (MQ=255) aaTGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGtttt > 1:3208758/1‑63 (MQ=255) aaTGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCt > 1:2444005/1‑71 (MQ=255) aaTGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCt > 1:2511260/1‑71 (MQ=255) aTGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCtt < 1:2649000/71‑1 (MQ=255) aTGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCt < 1:1276654/70‑1 (MQ=255) aaaCTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTccc > 1:687659/1‑71 (MQ=255) aCTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCgc < 1:2927289/71‑1 (MQ=255) gtggCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCgctgct > 1:192945/1‑71 (MQ=255) gtggCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCgctgct > 1:836078/1‑71 (MQ=255) ggCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTgg > 1:2919069/1‑71 (MQ=255) gTGCTACCT‑GTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttc < 1:1994290/71‑1 (MQ=255) tGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttc < 1:989346/71‑1 (MQ=255) tGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttc > 1:1026979/1‑71 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttctt > 1:2005783/1‑71 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttct < 1:1077205/70‑1 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttct > 1:2398787/1‑70 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttct > 1:2986008/1‑70 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGAt > 1:2569984/1‑50 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGAt > 1:2364232/1‑50 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGAt > 1:2721777/1‑50 (MQ=255) cTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTCGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGAttctt > 1:2923993/1‑71 (MQ=255) ccTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTg > 1:2477136/1‑71 (MQ=255) ccTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTg > 1:1330820/1‑71 (MQ=255) cTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATtcttct < 1:157963/69‑1 (MQ=255) ggTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGc > 1:1228996/1‑69 (MQ=255) ggTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTATGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGc > 1:2551066/1‑69 (MQ=255) ggTGCATGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGc > 1:3127718/1‑69 (MQ=255) gTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGcc < 1:3998273/69‑1 (MQ=255) gTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGcc < 1:4152114/69‑1 (MQ=255) gTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGcc < 1:3935060/69‑1 (MQ=255) gTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGcc < 1:374040/69‑1 (MQ=255) tGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCAtt < 1:2792556/68‑1 (MQ=255) tGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCAtt < 1:557277/68‑1 (MQ=255) tGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCAtt < 1:2633906/68‑1 (MQ=255) tGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCAtt < 1:3064798/68‑1 (MQ=255) tGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATtcttct < 1:3318059/61‑1 (MQ=255) gATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGAt > 1:3889032/1‑36 (MQ=255) gATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGAt > 1:4015095/1‑36 (MQ=255) gATGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGAt > 1:2504947/1‑36 (MQ=255) gATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGc > 1:176809/1‑61 (MQ=255) gATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGc > 1:200564/1‑61 (MQ=255) aTGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGAc < 1:3996407/71‑1 (MQ=255) aTGAATAATTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGAc < 1:3021170/71‑1 (MQ=255) gAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCt < 1:95813/35‑1 (MQ=255) gAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCt < 1:2690985/35‑1 (MQ=255) gAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCt < 1:3257713/35‑1 (MQ=255) gAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCt < 1:3963424/35‑1 (MQ=255) gAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACgg > 1:3964301/1‑71 (MQ=255) gAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACg > 1:2439680/1‑70 (MQ=255) aataatTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGt < 1:1908115/71‑1 (MQ=255) ataatTTTGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGt < 1:3858010/70‑1 (MQ=255) taatTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGa > 1:3914929/1‑71 (MQ=255) taatTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGa > 1:1145346/1‑71 (MQ=255) ttGTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGc > 1:2687218/1‑70 (MQ=255) ttGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGa > 1:2258016/1‑41 (MQ=255) gTCGAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGa < 1:3732996/70‑1 (MQ=255) gTCGAGGCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGa < 1:207966/70‑1 (MQ=255) gAGTCGCTCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTa < 1:84445/71‑1 (MQ=255) tCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTg < 1:2179895/57‑1 (MQ=255) tCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTg < 1:1296422/57‑1 (MQ=255) | CAATCCGTTAATGAAACTGGTGGCAGTGCTACCTGGTGCCTGGATGAATAATTTTGTCGAGTCGCCCGTTTTGTGGATCTTCCCGCTGCTGGGATTCTTCTGCCCATTGCTGACGGTGATGGCGATTTA > minE/696714‑696842 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |