| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 879,563 | T→C | 47.2% | Y18H (TAT→CAT) | yciM → | conserved hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 879,563 | 0 | T | C | 47.2% | 2.5 / 75.8 | 53 | Y18H (TAT→CAT) | yciM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/14); new base C (17/8); total (31/22) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAAGGAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTCGCGTGATTAC > minE/879496‑879628 | gAAGGAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGtata < 1:1157970/71‑1 (MQ=255)gAAGGAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGtata < 1:2653772/71‑1 (MQ=255) aaGGAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCatat > 1:115787/1‑71 (MQ=255) aaGGAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTAAGGCTGGCatat > 1:2147602/1‑71 (MQ=255) gAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATggg > 1:910574/1‑71 (MQ=255) gAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATggg > 1:91090/1‑71 (MQ=255) gAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATggg > 1:2292438/1‑71 (MQ=255) gAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATgg > 1:1795986/1‑70 (MQ=255) aaTAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATggg > 1:804539/1‑70 (MQ=255) aaTAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGc > 1:1262560/1‑71 (MQ=255) aCTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCg > 1:105634/1‑69 (MQ=255) ttCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAg > 1:462989/1‑69 (MQ=255) ttCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAg > 1:3014267/1‑69 (MQ=255) gttgttgttTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGcaacaa > 1:855402/1‑70 (MQ=255) gttgttgttTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGcaacaa > 1:3294551/1‑70 (MQ=255) gttgttTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCaacaaaac > 1:4113971/1‑70 (MQ=255) gttgttTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCa > 1:2212503/1‑53 (MQ=255) tttCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagc < 1:1937785/70‑1 (MQ=255) tttCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagc < 1:4049072/70‑1 (MQ=255) tttCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagc < 1:4053722/70‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagcaa < 1:1618267/70‑1 (MQ=255) tCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagc > 1:2210886/1‑68 (MQ=255) cTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagcaag < 1:2661596/70‑1 (MQ=255) cTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagc > 1:2442728/1‑67 (MQ=255) tGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGAt > 1:974397/1‑71 (MQ=255) agCTTTTGCCTCTAGCCGCTGCCTATGGCAGGTAAATGGGCCGCAGaa > 1:1285699/2‑48 (MQ=255) cTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATg < 1:3290590/70‑1 (MQ=255) cTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGAt < 1:2251847/69‑1 (MQ=255) tGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGc > 1:1623511/1‑70 (MQ=255) tGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGc > 1:4051665/1‑70 (MQ=255) tGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGc > 1:1826435/1‑70 (MQ=255) ccTGTAGTCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCa < 1:167047/70‑1 (MQ=255) ccTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCa < 1:2975182/70‑1 (MQ=255) ccTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCa < 1:3229678/70‑1 (MQ=255) cTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagcaa < 1:1886098/59‑1 (MQ=255) cTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagcaa < 1:1872479/59‑1 (MQ=255) cTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagcaa < 1:3685451/59‑1 (MQ=255) cTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAAcaagcaa < 1:377884/59‑1 (MQ=255) tAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAAcc < 1:555219/69‑1 (MQ=255) tAGCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAAcc < 1:3057552/69‑1 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt < 1:3947157/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGACGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt < 1:1601959/71‑1 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt > 1:3934476/1‑71 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt > 1:3919960/1‑71 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt > 1:2488766/1‑71 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt > 1:930994/1‑71 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCtt > 1:2027904/1‑71 (MQ=255) gCCGCTGCCTATGGCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCt > 1:2393655/1‑70 (MQ=255) ccTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTcgc < 1:3593686/69‑1 (MQ=255) ccTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTcgc < 1:2790783/69‑1 (MQ=255) ccTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTCGCGt < 1:1445543/71‑1 (MQ=255) aTGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCaacaaa > 1:1137688/1‑36 (MQ=255) tggctggcATATGGGCCGCAGAAGTGCGCaacaaaa > 1:2509886/1‑36 (MQ=255) ggCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTCGCGTGAtt > 1:2383192/1‑70 (MQ=255) ggCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTCGCGTGATTa > 1:2563430/1‑71 (MQ=255) gCTGGCATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTCGCGTGATTAc < 1:1529127/71‑1 (MQ=255) | GAAGGAATAACTTTCTATGCTGGAGTTGTTGTTTCTGCTTTTGCCTGTAGCCGCTGCCTATGGCTGGTATATGGGCCGCAGAAGTGCGCAACAAAACAAGCAAGATGAAGCCAACCGCTTGTCGCGTGATTAC > minE/879496‑879628 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |