| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 899,197 | C→T | 55.3% | P78L (CCT→CTT) | pspC → | transcriptional activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 899,197 | 0 | C | T | 55.3% | 29.9 / 129.4 | 94 | P78L (CCT→CTT) | pspC | transcriptional activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/27); new base T (25/27); total (40/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
GTTGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCGAGATG > minE/899127‑899267 | gTTGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTAcc > 1:3342645/1‑71 (MQ=255)gTTGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTAcc > 1:3333970/1‑71 (MQ=255) ttGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGGCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCt < 1:3478692/71‑1 (MQ=255) ttGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCt < 1:2602311/71‑1 (MQ=255) ttGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCt < 1:2263269/71‑1 (MQ=255) tGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCt < 1:2445878/70‑1 (MQ=255) cTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTc > 1:1702567/1‑70 (MQ=255) tACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCcag > 1:1412872/1‑71 (MQ=255) tACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCcag > 1:2217221/1‑71 (MQ=255) tACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCcag > 1:4187697/1‑71 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcag > 1:1033425/1‑70 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:4232255/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:328719/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:824555/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:2495163/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:3421992/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:2644592/69‑1 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCcag > 1:2162242/1‑70 (MQ=255) aCATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCcag > 1:901305/1‑70 (MQ=255) tcatTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCagcagc < 1:3077970/71‑1 (MQ=255) tcatTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCagcagc < 1:4055426/71‑1 (MQ=255) catTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCagcagc > 1:245422/1‑70 (MQ=255) atTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCg > 1:2233875/1‑70 (MQ=255) atTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGCTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCg > 1:3942846/1‑70 (MQ=255) ttttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCca < 1:2439935/63‑1 (MQ=255) ttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAAt < 1:1192081/70‑1 (MQ=255) ttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAAt < 1:1686565/70‑1 (MQ=255) ttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAAt < 1:4241671/70‑1 (MQ=255) ttGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAAt < 1:88429/70‑1 (MQ=255) aTTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTg > 1:897061/1‑70 (MQ=255) aTTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTg > 1:3954371/1‑70 (MQ=255) aTTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTg > 1:2528534/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:2847288/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGAt > 1:1348937/1‑70 (MQ=255) tGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCCAATTGCTGGAt > 1:2265623/1‑70 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg > 1:202993/1‑70 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg < 1:2513355/70‑1 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg < 1:1810168/70‑1 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg < 1:3119854/70‑1 (MQ=255) gcgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATg < 1:405089/70‑1 (MQ=255) cgcTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:2273717/63‑1 (MQ=255) cTTGATCCAATGCGGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATTAAGt < 1:3631141/71‑1 (MQ=255) cTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGt < 1:2432373/71‑1 (MQ=255) cTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGt < 1:3337697/71‑1 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCt > 1:2680951/1‑61 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGt < 1:4130563/70‑1 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGt < 1:2598537/70‑1 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGt > 1:4033880/1‑70 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTc > 1:2771549/1‑71 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTc > 1:1810073/1‑71 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTc > 1:2028401/1‑71 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCg < 1:76143/54‑1 (MQ=255) ttGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCg < 1:4225521/54‑1 (MQ=255) tGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTc > 1:2335651/1‑70 (MQ=255) tCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGAcc > 1:1467390/1‑71 (MQ=255) tCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGAcc > 1:2974843/1‑71 (MQ=255) aTGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCg < 1:1558162/46‑1 (MQ=255) ccGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcag > 1:270130/1‑38 (MQ=255) ccGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcag > 1:3080110/1‑38 (MQ=255) ccGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcag > 1:3983000/1‑38 (MQ=255) ccGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCcag > 1:3769489/1‑38 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcgg > 1:2943905/1‑70 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcgg > 1:1664506/1‑70 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGaa < 1:3687954/51‑1 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGaa < 1:1672144/51‑1 (MQ=255) aacaTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGaa < 1:2612859/51‑1 (MQ=255) caTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:1551580/41‑1 (MQ=255) caTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:2944873/41‑1 (MQ=255) caTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:526115/41‑1 (MQ=255) caTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGc < 1:1737706/41‑1 (MQ=255) aTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAg > 1:13066/1‑71 (MQ=255) aTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAg > 1:3261487/1‑71 (MQ=255) aTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAg > 1:351125/1‑71 (MQ=255) aTGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATAGCTGGATCAAg > 1:167844/1‑49 (MQ=255) tGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcggc < 1:1429360/67‑1 (MQ=255) tGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTggcggc < 1:2388618/67‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGa < 1:4205875/71‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGa < 1:4097053/71‑1 (MQ=255) gCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTg > 1:3075387/1‑70 (MQ=255) tGGTGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAAcgc > 1:3523144/1‑71 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:809991/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:1988797/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACTTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:2417981/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:1468710/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:2736131/71‑1 (MQ=255) tGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGtt < 1:3612789/71‑1 (MQ=255) cTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGa < 1:3678056/41‑1 (MQ=255) cTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGa < 1:814080/41‑1 (MQ=255) aCCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTg < 1:1692580/38‑1 (MQ=255) aCCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAAc > 1:543272/1‑41 (MQ=255) aCCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAAc > 1:3442936/1‑41 (MQ=255) ccTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCgag < 1:4040306/69‑1 (MQ=255) ccTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCgag < 1:1501113/69‑1 (MQ=255) ccTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCgag < 1:2143147/69‑1 (MQ=255) ccTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCgag < 1:3421/69‑1 (MQ=255) ccTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCgag < 1:144537/69‑1 (MQ=255) cTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGCACTGCCGGCAAGTGAAAcg > 1:371680/1‑56 (MQ=255) cTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCGAGATg > 1:3304362/1‑71 (MQ=255) cTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGAGAAACGCGTTTACGCGAGATg > 1:1088496/1‑71 (MQ=255) cTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAACTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCGAGATg > 1:2134683/1‑71 (MQ=255) | GTTGCTTACATCATTTTGTCATTTGCGCTTGATCCAATGCCGGACAACATGGCCTTTGGTGAGCAGCTACCTTCCAGCAGCGAATTGCTGGATGAAGTCGACCGTGAACTGGCGGCAAGTGAAACGCGTTTACGCGAGATG > minE/899127‑899267 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |