| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,011,234 | A→G | 41.1% | H221R (CAC→CGC) | rstB → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,011,234 | 0 | A | G | 41.1% | 38.3 / 91.1 | 73 | H221R (CAC→CGC) | rstB | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with RstA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/22); new base G (13/17); total (34/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.73e-01 | |||||||||||
TAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGCCGCCGAA > minE/1011166‑1011304 | tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc > 1:3972982/1‑70 (MQ=255)tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc > 1:1022865/1‑70 (MQ=255)tAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCAc > 1:1436302/1‑70 (MQ=255) aaCCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTcgcg < 1:323642/70‑1 (MQ=255) ccAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGaa > 1:889393/1‑70 (MQ=255) ccAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAAc > 1:2538121/1‑71 (MQ=255) ccAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAAc > 1:1676967/1‑71 (MQ=255) aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCg < 1:3331285/71‑1 (MQ=255) aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCg < 1:2385770/71‑1 (MQ=255) aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:4236822/71‑1 (MQ=255) aTGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCg < 1:2880036/71‑1 (MQ=255) tGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCTCTCGCGAACTGc > 1:160628/1‑69 (MQ=255) ggCTGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:1264640/1‑71 (MQ=255) ggCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGaa > 1:775631/1‑64 (MQ=255) ggCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:3819414/1‑71 (MQ=255) ggCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa > 1:1762477/1‑71 (MQ=255) cGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAaca > 1:2055656/1‑71 (MQ=255) aCAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGaa > 1:1138136/1‑59 (MQ=255) cAATATCACCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:378067/71‑1 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt > 1:1741121/1‑71 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGt > 1:1283938/1‑71 (MQ=255) cAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGt < 1:3715237/71‑1 (MQ=255) atatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTa < 1:2149512/71‑1 (MQ=255) tatCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCg < 1:4017460/60‑1 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgcg < 1:915230/71‑1 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgcg < 1:963155/71‑1 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgcg > 1:2163066/1‑71 (MQ=255) aaCGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTgcg > 1:2158047/1‑71 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCg > 1:3031233/1‑71 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:3533898/43‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:4041936/43‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACg < 1:4123255/43‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGtt < 1:1427295/59‑1 (MQ=255) ttAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGtt < 1:1456915/59‑1 (MQ=255) tAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGt > 1:883979/1‑71 (MQ=255) tAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGt > 1:2956684/1‑71 (MQ=255) aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:1206820/1‑59 (MQ=255) aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:581391/1‑59 (MQ=255) aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAg > 1:1770854/1‑59 (MQ=255) aaTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGt > 1:2054374/1‑70 (MQ=255) aTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGtt < 1:1762692/70‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGtt < 1:3752843/70‑1 (MQ=255) aTTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTa < 1:464071/71‑1 (MQ=255) ttGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGaa < 1:582205/48‑1 (MQ=255) ttGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGtt < 1:1750234/69‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:688137/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:218935/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:591522/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:1366622/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:2009870/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:909339/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATc < 1:1311828/70‑1 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAaca > 1:3286835/1‑48 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAaca > 1:792655/1‑48 (MQ=255) gCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAaca > 1:2629235/1‑48 (MQ=255) cAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGtt < 1:2196885/65‑1 (MQ=255) cAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTgg < 1:3831325/71‑1 (MQ=255) cAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTgg < 1:779169/71‑1 (MQ=255) aaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt < 1:446825/71‑1 (MQ=255) aaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt < 1:1190927/71‑1 (MQ=255) aaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt < 1:2600536/71‑1 (MQ=255) aaaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTAgatct > 1:665735/1‑68 (MQ=255) aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3698239/1‑70 (MQ=255) aaCAGCTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGAt > 1:3252622/1‑70 (MQ=255) cTTATTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGa < 1:3594601/57‑1 (MQ=255) aTTGACGGTATCGCTCGCGAACTTCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATa < 1:961672/70‑1 (MQ=255) aTTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATa < 1:2963176/70‑1 (MQ=255) aTTGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATa < 1:901414/70‑1 (MQ=255) tGACGGTATCGCTCGCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAAcc > 1:1751785/1‑71 (MQ=255) tATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAgcg < 1:4135219/71‑1 (MQ=255) gCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTCCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAgcg < 1:3902155/67‑1 (MQ=255) cACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGccgccg > 1:3119733/1‑70 (MQ=255) cACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGccgccg > 1:3108903/1‑70 (MQ=255) cACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGccgccg > 1:2577249/1‑70 (MQ=255) aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCgccgcc > 1:3028720/1‑68 (MQ=255) aCGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGCCGCCGaa > 1:187757/1‑71 (MQ=255) | TAACCAGATGGCGGACAATATCAACGCCTTAATTGCCAGCAAAAAACAGCTTATTGACGGTATCGCTCACGAACTGCGAACACCGTTAGTGCGCCTGCGTTATCGACTGGAGATGAGCGATAACCTGAGCGCCGCCGAA > minE/1011166‑1011304 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |