| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,132,803 | G→A | 40.0% | intergenic (+119/‑38) | arpB → / → yniD | ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,132,803 | 0 | G | A | 40.0% | 65.7 / 98.6 | 85 | intergenic (+119/‑38) | arpB/yniD | ECK1718:JW5278+JW1710:b4494; hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (29/22); new base A (11/23); total (40/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.96e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.15e-01 | |||||||||||
GAAACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTAAAC > minE/1132739‑1132868 | gAAACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCtt < 1:1284869/71‑1 (MQ=255)gAAACAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCtt < 1:3336919/71‑1 (MQ=255) aaaCAGTGACCATGTGCATAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTTATGCCTGTCCCttt < 1:788277/71‑1 (MQ=255) aaaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCttt > 1:1044976/1‑71 (MQ=255) aaaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCttt < 1:523548/71‑1 (MQ=255) aaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCtttt < 1:3861951/71‑1 (MQ=255) aaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCttt < 1:2119862/70‑1 (MQ=255) aaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCttt < 1:2581853/70‑1 (MQ=255) aaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCttt < 1:1825760/70‑1 (MQ=255) aaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCttt < 1:2167739/70‑1 (MQ=255) aaCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCtttt > 1:593264/1‑71 (MQ=255) aCAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTg > 1:1999260/1‑71 (MQ=255) cAGTGACCATGTGCACAACTCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGt < 1:1570329/71‑1 (MQ=255) cAGTGACCATGTGCACAACGCCACCCTACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGt < 1:2320860/71‑1 (MQ=255) aGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGt < 1:585196/70‑1 (MQ=255) aGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGt > 1:3162350/1‑70 (MQ=255) aGTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGt > 1:3538779/1‑70 (MQ=255) gTGACCATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCttt < 1:3850357/66‑1 (MQ=255) cATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTacac < 1:1532956/69‑1 (MQ=255) cATGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACt < 1:2488128/70‑1 (MQ=255) aTGTGCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTcc > 1:1604950/1‑71 (MQ=255) tgtgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCg > 1:824825/1‑71 (MQ=255) tgtgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCg > 1:829782/1‑71 (MQ=255) tgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGt > 1:2458703/1‑70 (MQ=255) tgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGt < 1:403202/70‑1 (MQ=255) tgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGt < 1:1772698/70‑1 (MQ=255) tgCACAACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGt < 1:2098443/70‑1 (MQ=255) acaACGCCACCCGACGGCTGTAATAACAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTa > 1:2665278/1‑59 (MQ=255) 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taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTaca > 1:3870075/1‑38 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTaca > 1:30228/1‑38 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTaca > 1:2043427/1‑38 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTaca > 1:1402460/1‑38 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGtt < 1:1316286/45‑1 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGtt < 1:695136/45‑1 (MQ=255) taaCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGtt < 1:3262809/45‑1 (MQ=255) aCAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACt > 1:1492024/1‑71 (MQ=255) aCAAAAAATCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACt > 1:471575/1‑71 (MQ=255) cAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGa > 1:3151715/1‑66 (MQ=255) cAAAAAATCCCTTGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGa > 1:2895593/1‑66 (MQ=255) aaaaaaTCCCTTGATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTgg < 1:1359404/71‑1 (MQ=255) 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ttGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGAc > 1:918072/1‑70 (MQ=255) ttGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGAc > 1:1843295/1‑70 (MQ=255) tGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACt > 1:2664752/1‑70 (MQ=255) tGATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACt > 1:1126825/1‑70 (MQ=255) gATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:3399309/1‑46 (MQ=255) gATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:2916284/1‑46 (MQ=255) gATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:2019029/1‑46 (MQ=255) gATGCCTGTCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGata > 1:1005678/1‑46 (MQ=255) gATGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTa < 1:3787565/70‑1 (MQ=255) aTGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTaaa < 1:3931786/71‑1 (MQ=255) aTGCCTATCCCTTTTGTTACACTCCGTTATCACGCACAAGAGATATGCAGGACACTGGTATGCCGACTaaa < 1:529532/71‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |