| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,224,676 | T→C | 46.0% | F180L (TTT→CTT) | yebU → | predicted methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,224,676 | 0 | T | C | 46.0% | 5.5 / 70.7 | 50 | F180L (TTT→CTT) | yebU | predicted methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (21/6); new base C (9/14); total (30/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.86e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
TTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGT > minE/1224610‑1224746 | ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:792847/67‑1 (MQ=255)ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:3321833/67‑1 (MQ=255)ttACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCgtgt < 1:3955377/67‑1 (MQ=255) aCATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTg > 1:526237/1‑71 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:706446/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:3144382/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGc < 1:2307329/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGc < 1:2972757/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGc < 1:3267262/70‑1 (MQ=255) ccAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCCGc < 1:1821888/70‑1 (MQ=255) tCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGc > 1:2308628/1‑69 (MQ=255) cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:305932/1‑71 (MQ=255) cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:2335465/1‑71 (MQ=255) cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:2153691/1‑71 (MQ=255) cGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAAt > 1:4022464/1‑71 (MQ=255) gtgGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:258369/1‑71 (MQ=255) aTCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTTCCAGAAATGTTc > 1:2919842/1‑66 (MQ=255) aTCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:2951177/1‑66 (MQ=255) aTCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:3054022/1‑66 (MQ=255) tCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGc > 1:3379556/1‑70 (MQ=255) aGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAt > 1:3257786/1‑71 (MQ=255) tAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGc < 1:1550664/42‑1 (MQ=255) aaTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:1562422/1‑71 (MQ=255) aaTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt > 1:3926177/1‑71 (MQ=255) aTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:35445/70‑1 (MQ=255) aTGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTg > 1:806881/1‑71 (MQ=255) tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCa > 1:4031516/1‑65 (MQ=255) tGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTTCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:1095678/69‑1 (MQ=255) tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:2042697/1‑55 (MQ=255) tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:1104495/1‑55 (MQ=255) tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:2561928/1‑55 (MQ=255) tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTc > 1:3486750/1‑55 (MQ=255) tGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg > 1:3159852/1‑70 (MQ=255) cgcTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGa < 1:3174322/70‑1 (MQ=255) acacaTTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTc < 1:3703012/70‑1 (MQ=255) acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:2918365/1‑48 (MQ=255) acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:1649700/1‑48 (MQ=255) acaTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGa > 1:4112861/1‑48 (MQ=255) acaTTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCt > 1:1102466/1‑71 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:3335760/1‑71 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:3891319/1‑71 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:4253086/1‑71 (MQ=255) caTTTTGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:4025619/1‑71 (MQ=255) caTTTTCATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTg > 1:797450/1‑71 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:433693/58‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2063183/58‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:3983205/58‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2270393/58‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2392966/58‑1 (MQ=255) ttttGATGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTg < 1:2613764/58‑1 (MQ=255) aTGGCCGCGTGTTTGGTGCGACAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTgg < 1:2592606/70‑1 (MQ=255) tGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCAtttt < 1:1323069/48‑1 (MQ=255) tGGCCGCGTGCTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCg < 1:3059610/71‑1 (MQ=255) gtgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:4096573/71‑1 (MQ=255) gtgtTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgt < 1:1009038/71‑1 (MQ=255) tttGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCgtggt > 1:2896188/1‑71 (MQ=255) | TTACATGCCAATATCAGCCGCTGTGGTATCAGTAATGTTGCGCTCACACATTTTGATGGCCGCGTGTTTGGTGCGGCAGTGCCAGAAATGTTCGATGCCATTTTGCTGGACGCTCCCTGCTCTGGCGAAGGCGTGGT > minE/1224610‑1224746 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |