| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,496,561 | C→T | 41.8% | M327I (ATG→ATA) | nuoF ← | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,496,561 | 0 | C | T | 41.8% | 40.1 / 82.0 | 67 | M327I (ATG→ATA) | nuoF | NADH:ubiquinone oxidoreductase, chain F |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/15); new base T (20/8); total (44/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.64e-01 | |||||||||||
TCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAG > minE/1496496‑1496629 | tCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCa > 1:3272950/1‑67 (MQ=255) aCGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGc > 1:839877/1‑69 (MQ=255) ggCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAgcg > 1:2566231/1‑71 (MQ=255) ggCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAgcg > 1:583042/1‑71 (MQ=255) ggCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAgcg > 1:144235/1‑71 (MQ=255) gCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAgcgc < 1:2810321/71‑1 (MQ=255) gCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAgcgc < 1:1086466/71‑1 (MQ=255) gCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAgcgc < 1:1934860/71‑1 (MQ=255) cGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGcc > 1:1009145/1‑71 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTAGCCAGACGGc > 1:1884556/1‑71 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:4089282/1‑67 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:3081245/1‑67 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:2559360/1‑67 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGc > 1:817202/1‑71 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGc > 1:1920754/1‑71 (MQ=255) cAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGc > 1:2459413/1‑71 (MQ=255) ttACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGcc > 1:777725/1‑71 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGccc > 1:2755393/1‑71 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCa > 1:655821/1‑42 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCa > 1:2400537/1‑42 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCa > 1:215613/1‑42 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAg > 1:2385683/1‑61 (MQ=255) tACGCACCAGCGACACCACGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:1942991/1‑62 (MQ=255) aCCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCttt < 1:1110041/71‑1 (MQ=255) aCCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCttt < 1:516208/71‑1 (MQ=255) ccAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCa < 1:9535/54‑1 (MQ=255) ccAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCa < 1:1000040/54‑1 (MQ=255) gCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTAcc > 1:2256956/1‑70 (MQ=255) gCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACC‑CTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGccctc < 1:4251071/63‑3 (MQ=255) cGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGa < 1:686100/71‑1 (MQ=255) gACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGAt < 1:35341/71‑1 (MQ=255) gACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGAt < 1:1164334/71‑1 (MQ=255) ccATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACtt < 1:3648880/71‑1 (MQ=255) cATGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACttt > 1:81879/1‑71 (MQ=255) aTGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:2515142/1‑71 (MQ=255) aTGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:686029/1‑71 (MQ=255) aTGTTGATCTCATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:3627135/1‑71 (MQ=255) aTGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:1086927/1‑71 (MQ=255) aTGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:3210492/1‑71 (MQ=255) aTGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTc > 1:598654/1‑71 (MQ=255) tGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTa > 1:1917609/1‑35 (MQ=255) tGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:498368/1‑41 (MQ=255) tGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:4189002/1‑41 (MQ=255) tGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGa > 1:1619887/1‑41 (MQ=255) ctcATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCa > 1:2310305/1‑71 (MQ=255) ctcATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCa > 1:2308084/1‑71 (MQ=255) ctcATGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCa > 1:2046987/1‑71 (MQ=255) tcATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGAt < 1:779680/56‑1 (MQ=255) aTGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCAt < 1:2000283/69‑1 (MQ=255) aTGGTCAACCGCTATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCAt < 1:2713869/69‑1 (MQ=255) aTGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATAc > 1:1266766/1‑56 (MQ=255) tGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCgg < 1:1653794/71‑1 (MQ=255) tGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCgg < 1:3373798/71‑1 (MQ=255) tGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCgg < 1:264321/71‑1 (MQ=255) gTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCAGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCg > 1:1617681/1‑68 (MQ=255) aaCCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGa > 1:3054500/1‑47 (MQ=255) ccGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCa < 1:2973114/71‑1 (MQ=255) ccGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCa < 1:3942826/71‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCAGCTCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCaa < 1:1788544/71‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATc > 1:3419062/1‑69 (MQ=255) cGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCaa < 1:1616148/71‑1 (MQ=255) cGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCaa < 1:3540335/71‑1 (MQ=255) gCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCtt > 1:4200219/1‑37 (MQ=255) gCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAg > 1:1043699/1‑71 (MQ=255) gCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAg > 1:2352545/1‑71 (MQ=255) gCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAg > 1:2672763/1‑71 (MQ=255) gCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAg > 1:3601337/1‑71 (MQ=255) | TCACGGGCGAAAAACTCTTCCAGGTTACGCACCAGCGACACCATGTTGATCTCATGGTCAACCGCCATCGCCAGCGCCGTACCCAGACGGCTGCCCGCTTTACCGATACTTTCGAATTCCATCGGCAGATCAAG > minE/1496496‑1496629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |