| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,598,488 | C→T | 50.8% | A60A (GCG→GCA) | yfeT ← | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,598,488 | 0 | C | T | 50.8% | ‑6.4 / 101.6 | 65 | A60A (GCG→GCA) | yfeT | predicted DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (17/15); new base T (17/16); total (34/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
CGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCGT > minE/1598425‑1598557 | cGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGcc > 1:3684584/1‑69 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttt > 1:4056524/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttt > 1:123534/1‑71 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGtt < 1:3119131/70‑1 (MQ=255) ttCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGtt < 1:4047062/70‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAAGGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGttttt > 1:3120211/1‑71 (MQ=255) ctcCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGtttt < 1:3443203/70‑1 (MQ=255) ctcCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGtttt < 1:859908/70‑1 (MQ=255) 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1:2354008/1‑71 (MQ=255) gCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGc < 1:944658/71‑1 (MQ=255) ttCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCAc < 1:1060175/42‑1 (MQ=255) ttCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCg < 1:2776196/50‑1 (MQ=255) tCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTa > 1:1288741/1‑43 (MQ=255) tCAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTa > 1:156338/1‑43 (MQ=255) cAGTAAATCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTc > 1:3406747/1‑71 (MQ=255) aGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCg < 1:2388716/71‑1 (MQ=255) aGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCg < 1:3928589/71‑1 (MQ=255) tAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGcc < 1:3784792/71‑1 (MQ=255) tAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGc > 1:3940590/1‑70 (MQ=255) tAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGc > 1:390866/1‑70 (MQ=255) aaTCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTAACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCAt > 1:240577/1‑71 (MQ=255) aaTCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCAt > 1:3939288/1‑71 (MQ=255) tCCTTGTGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGATGTTTCGCCATCt > 1:1072375/1‑71 (MQ=255) cTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGc < 1:1922708/64‑1 (MQ=255) gcgcgcCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCGt > 1:3703559/1‑71 (MQ=255) | CGTTTTCTCCCGGCTGGCACTGTATTCGCCTATTAACGCCATACGCAATTCAGTAAATCCTTGCGCGCCGAGTTTTTGGGCAAATTTCACTATGCTCGACTGGCTAATGCCGAGCTGTTTCGCCATCTGCCGT > minE/1598425‑1598557 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |