| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 216,053 | T→C | 28.1% | intergenic (+222/‑106) | aspV → / → yafT | tRNA‑Asp/predicted aminopeptidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 216,053 | 0 | T | C | 28.1% | 193.1 / 94.6 | 121 | intergenic (+222/‑106) | aspV/yafT | tRNA‑Asp/predicted aminopeptidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (54/33); new base C (16/18); total (70/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TGATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAATAT > minE/215985‑216123 | tGATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATAttt > 1:2157571/1‑71 (MQ=255) gATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATAttt > 1:4075221/1‑70 (MQ=255) aaCCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGa < 1:2326841/71‑1 (MQ=255) aaCCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGa < 1:3579445/71‑1 (MQ=255) aCCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAt < 1:1293787/71‑1 (MQ=255) ccATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAtt > 1:2618842/1‑71 (MQ=255) aTTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAtttt < 1:2738887/71‑1 (MQ=255) tCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgt > 1:3956679/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATtttgtt > 1:1866558/1‑71 (MQ=255) cAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATtttgt < 1:472724/70‑1 (MQ=255) cTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAtt < 1:2397084/63‑1 (MQ=255) ttAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAttttcta > 1:55519/1‑64 (MQ=255) aaaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:3615469/69‑1 (MQ=255) aaaTATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTtgtttgtt < 1:2158127/69‑1 (MQ=255) atatatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGttatta < 1:4236995/71‑1 (MQ=255) atatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCa < 1:2254006/48‑1 (MQ=255) tatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:3446386/71‑1 (MQ=255) tatTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:3348494/71‑1 (MQ=255) atTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATtatata > 1:2972336/1‑71 (MQ=255) atTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt > 1:2960102/1‑70 (MQ=255) atTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt > 1:2886329/1‑70 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat > 1:1035648/1‑41 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat > 1:1931093/1‑41 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat > 1:2857694/1‑41 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat > 1:4166627/1‑41 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTatat > 1:1169554/1‑41 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:3349861/70‑1 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGa > 1:4134203/1‑51 (MQ=255) tttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTa < 1:3209722/70‑1 (MQ=255) ttCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAg > 1:2175731/1‑71 (MQ=255) cTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGt < 1:740659/70‑1 (MQ=255) aaTAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:192902/1‑54 (MQ=255) aaTAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:500431/1‑54 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatat < 1:1013226/71‑1 (MQ=255) tAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtata > 1:961376/1‑70 (MQ=255) aaaTTTATATTGATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGt < 1:2760120/66‑1 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTg > 1:658089/1‑37 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGAtttt < 1:2000363/42‑1 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatata > 1:870307/1‑70 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:3587728/1‑71 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:2275415/1‑71 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:2565185/1‑71 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:4057413/1‑71 (MQ=255) aaTTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:1337010/1‑71 (MQ=255) tttATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAAt > 1:438547/1‑70 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:1622038/1‑54 (MQ=255) tataTTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:1741895/1‑54 (MQ=255) tatTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTag < 1:2764337/69‑1 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:3478673/1‑40 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:3785354/1‑40 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:1338484/1‑40 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:2031658/1‑40 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTcc > 1:741270/1‑70 (MQ=255) gATTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCg > 1:1442782/1‑71 (MQ=255) aTTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:3995921/45‑1 (MQ=255) aTTAAATGAATGTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGt < 1:3273153/71‑1 (MQ=255) ttAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatata > 1:4177764/1‑58 (MQ=255) ttAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGtatata > 1:3662279/1‑58 (MQ=255) ttAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGt > 1:185182/1‑70 (MQ=255) tAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATaa > 1:3624450/1‑58 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:75803/1‑35 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:228735/1‑35 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:2846345/1‑35 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:3182361/1‑35 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:85752/71‑1 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:1154098/71‑1 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:1218004/71‑1 (MQ=255) aatgaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:107045/71‑1 (MQ=255) aatgaatgTATATTTAAAATTGATTTTGTTTGtta > 1:2722106/1‑35 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:2894852/1‑36 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:2317148/1‑36 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:2750697/1‑36 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:529552/1‑36 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:4259951/1‑36 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:4001395/1‑36 (MQ=255) aatgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGttat > 1:3597140/1‑36 (MQ=255) tgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCaa < 1:1594961/71‑1 (MQ=255) tgaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCaa < 1:2511909/71‑1 (MQ=255) gaatgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAAt > 1:174092/1‑71 (MQ=255) gaatgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCaa < 1:3839999/70‑1 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:931475/1‑38 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:836141/1‑38 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:2019661/1‑38 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTaa > 1:2920507/1‑38 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa > 1:2833065/1‑54 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa > 1:1871606/1‑54 (MQ=255) atgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa > 1:1630908/1‑54 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:3249678/35‑1 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTAttt < 1:1551096/35‑1 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:1754784/65‑1 (MQ=255) tgTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATc < 1:261703/65‑1 (MQ=255) tgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCt < 1:1572363/71‑1 (MQ=255) tgTATACTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCt < 1:1557163/71‑1 (MQ=255) tataTTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCt > 1:1445824/1‑69 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:1180029/49‑1 (MQ=255) tatTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTa < 1:2501138/49‑1 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTaga > 1:1215162/1‑49 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTaga > 1:3437290/1‑49 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTaga > 1:3281189/1‑49 (MQ=255) tttCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAatat > 1:3050263/1‑71 (MQ=255) | TGATATCGAACCATTCAGCTTAAATATATTTCTAGAGAATAAATTTATATTGATTAAATGAATGTATATTTCAAATTGATTTTGTTTGTTATTATTTAAGTGAGGTATATAATTAGAGTCCGTTATCAATGCTAAATAT > minE/215985‑216123 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |