| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,798,695 | A→G | 46.7% | Q239R (CAA→CGA) | proV → | glycine betaine transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,798,695 | 0 | A | G | 46.7% | 11.6 / 111.1 | 77 | Q239R (CAA→CGA) | proV | glycine betaine transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/14); new base G (18/18); total (45/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.31e-01 | |||||||||||
CCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTCCGT > minE/1798629‑1798765 | ccATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAAt < 1:1527309/71‑1 (MQ=255)ccATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAAt < 1:1522477/71‑1 (MQ=255) ttGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGt > 1:2227055/1‑71 (MQ=255) ttGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGt > 1:3183594/1‑71 (MQ=255) ttGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGt > 1:1331186/1‑71 (MQ=255) tGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGt > 1:1406018/1‑70 (MQ=255) gTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTg < 1:2667857/70‑1 (MQ=255) gTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTg < 1:64028/70‑1 (MQ=255) cTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:3278144/1‑71 (MQ=255) ttATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTg > 1:2568518/1‑71 (MQ=255) ttATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTg > 1:1192508/1‑71 (MQ=255) tATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg < 1:2936429/68‑1 (MQ=255) tATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg < 1:3352361/68‑1 (MQ=255) aTTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTgg > 1:3967490/1‑70 (MQ=255) tttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGa > 1:1845428/1‑64 (MQ=255) tttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGa > 1:2364337/1‑64 (MQ=255) tttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTgg < 1:3003627/69‑1 (MQ=255) ttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTa > 1:3277014/1‑70 (MQ=255) ttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTa > 1:2409456/1‑70 (MQ=255) ttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTa > 1:2005228/1‑70 (MQ=255) ttCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAAAGGTGAAGTGGt > 1:2498712/1‑69 (MQ=255) ccACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTAc < 1:137285/68‑1 (MQ=255) cGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCg > 1:2387071/1‑71 (MQ=255) gATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGa < 1:1149186/56‑1 (MQ=255) cTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGca > 1:1550883/1‑70 (MQ=255) gatgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCgg < 1:319623/65‑1 (MQ=255) gatgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCgg < 1:2621928/65‑1 (MQ=255) gatgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCgg < 1:2884209/65‑1 (MQ=255) atgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCgg < 1:1617693/64‑1 (MQ=255) atgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCg < 1:104029/71‑1 (MQ=255) atgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCg < 1:3136899/71‑1 (MQ=255) atgaAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCg < 1:1757044/71‑1 (MQ=255) gCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGa < 1:3317401/71‑1 (MQ=255) gCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGa < 1:3877252/71‑1 (MQ=255) gCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGa < 1:3025946/71‑1 (MQ=255) gCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATg > 1:2654510/1‑70 (MQ=255) gCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATg > 1:407554/1‑70 (MQ=255) ccATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:2088603/1‑45 (MQ=255) ccATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:3241083/1‑45 (MQ=255) ccATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:477582/1‑45 (MQ=255) ccATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:612384/1‑45 (MQ=255) ccATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:680906/1‑45 (MQ=255) ccATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAg > 1:832916/1‑45 (MQ=255) tGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAAt > 1:420572/1‑70 (MQ=255) tGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAAtt < 1:3492254/71‑1 (MQ=255) gCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGt > 1:1979076/1‑42 (MQ=255) gCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATtc > 1:958374/1‑71 (MQ=255) gCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATtc > 1:3180942/1‑71 (MQ=255) cGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGt > 1:1883565/1‑50 (MQ=255) cGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGt > 1:4092101/1‑50 (MQ=255) cGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGt > 1:389433/1‑50 (MQ=255) aTTGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa > 1:2085225/1‑71 (MQ=255) ttGGCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaat < 1:849140/71‑1 (MQ=255) ttGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa > 1:450012/1‑70 (MQ=255) ttGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa > 1:4128320/1‑70 (MQ=255) ttGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa > 1:1220353/1‑70 (MQ=255) gCGACCGAATTGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaataa < 1:2121164/70‑1 (MQ=255) gAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCGATAATCCGGCg < 1:771009/71‑1 (MQ=255) tGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGcac < 1:3302149/39‑1 (MQ=255) tGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGcac < 1:4198210/39‑1 (MQ=255) tGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGcac < 1:729728/39‑1 (MQ=255) tGCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaat > 1:4000810/1‑58 (MQ=255) gCCATTATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATg < 1:2669236/70‑1 (MQ=255) gCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGaaa > 1:122110/1‑49 (MQ=255) gCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGaaa > 1:2467481/1‑49 (MQ=255) cATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGAtt < 1:3360349/71‑1 (MQ=255) ttATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTa > 1:1460465/1‑70 (MQ=255) ttATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTa > 1:71615/1‑70 (MQ=255) ttATGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTAt > 1:4099455/1‑71 (MQ=255) aTGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGt > 1:1356004/1‑71 (MQ=255) aTGCGAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGt > 1:1752875/1‑71 (MQ=255) aTGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGt > 1:3384539/1‑71 (MQ=255) aTGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGt > 1:2824013/1‑71 (MQ=255) tGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa < 1:3262711/49‑1 (MQ=255) tGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa < 1:2458712/49‑1 (MQ=255) tGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCaa < 1:493585/49‑1 (MQ=255) cAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATGCTCaa < 1:4136575/47‑1 (MQ=255) aaaaTGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTCCGt < 1:1338732/71‑1 (MQ=255) | CCATTGTCTTTATTTCCCACGATCTTGATGAAGCCATGCGTATTGGCGACCGAATTGCCATTATGCAAAATGGTGAAGTGGTACAGGTCGGCACACCGGATGAAATTCTCAATAATCCGGCGAATGATTATGTCCGT > minE/1798629‑1798765 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |