| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | minE | 1,803,598 | T→C | 27.0% | N30N (AAT→AAC) | ygaH → | predicted inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | minE | 1,803,598 | 0 | T | C | 27.0% | 101.8 / 45.7 | 63 | N30N (AAT→AAC) | ygaH | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (35/11); new base C (12/5); total (47/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATG > minE/1803529‑1803663 | gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATg > 1:2813094/1‑71 (MQ=255) ctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAAt < 1:2367399/69‑1 (MQ=255) ctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgc > 1:2618832/1‑71 (MQ=255) ctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATgc > 1:3278993/1‑71 (MQ=255) aCTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCccaa > 1:3681226/1‑71 (MQ=255) aCTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCccaa > 1:1777868/1‑71 (MQ=255) aCTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCcca < 1:2671389/70‑1 (MQ=255) aCTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACCCCCGCcca < 1:2176575/70‑1 (MQ=255) aGTTGGGATGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacc > 1:2413408/1‑70 (MQ=255) aGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacc > 1:1396472/1‑70 (MQ=255) aGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacc > 1:624338/1‑70 (MQ=255) aGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacc > 1:769973/1‑70 (MQ=255) gTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCccaacca < 1:453338/70‑1 (MQ=255) gtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAAt > 1:761994/1‑51 (MQ=255) gtggcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTgg > 1:2717712/1‑71 (MQ=255) gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGgcgc > 1:2397331/1‑71 (MQ=255) attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCgg > 1:1466156/1‑69 (MQ=255) attattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCgg > 1:2673749/1‑69 (MQ=255) ttattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggt < 1:2601977/69‑1 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtagg > 1:230516/1‑70 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtagg > 1:1002209/1‑70 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtagg > 1:1279984/1‑70 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtag > 1:635644/1‑69 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtag > 1:3388354/1‑69 (MQ=255) attGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtag > 1:1863819/1‑69 (MQ=255) cTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt < 1:526515/70‑1 (MQ=255) cTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt < 1:2270925/70‑1 (MQ=255) cTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt < 1:3842258/70‑1 (MQ=255) ccGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTg < 1:1634657/70‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGacac < 1:3373903/70‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCccaaccaa > 1:1004964/1‑40 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTg > 1:411160/1‑45 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTg > 1:1915537/1‑45 (MQ=255) tGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTg > 1:2040933/1‑45 (MQ=255) cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGac > 1:3944930/1‑63 (MQ=255) cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGac > 1:2741128/1‑63 (MQ=255) cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGac > 1:2387401/1‑63 (MQ=255) cTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGac > 1:2310830/1‑63 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCa > 1:1218422/1‑71 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCa > 1:3155571/1‑71 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACAAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCa > 1:2782356/1‑71 (MQ=255) gcgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCACAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCa > 1:341284/1‑71 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:3372409/1‑51 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:3731772/1‑51 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:207673/1‑51 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:3029468/1‑51 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:1112967/1‑51 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:812034/1‑51 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGc < 1:2628314/69‑1 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGc < 1:651178/69‑1 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACAATTGGc < 1:2709/69‑1 (MQ=255) cgcCTGCGTGTGGGTAATGCACGCCCAAGCAAACGTGGCGCGGTAGGTAtt > 1:3278535/1‑51 (MQ=255) gCGTGTTGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCAACACCATTGGCATCTCCt > 1:2413179/1‑71 (MQ=255) gtgGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGa > 1:380168/1‑70 (MQ=255) tgGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGata < 1:3660349/71‑1 (MQ=255) tgGGTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGata < 1:686216/71‑1 (MQ=255) gggTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGata > 1:3652976/1‑70 (MQ=255) ggTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGatat > 1:1477631/1‑70 (MQ=255) ggTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGatat > 1:2991361/1‑70 (MQ=255) ggTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATg > 1:251361/1‑71 (MQ=255) ggTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATg > 1:2507629/1‑71 (MQ=255) gTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATg > 1:1379595/1‑70 (MQ=255) gTAACGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATg > 1:2911837/1‑70 (MQ=255) tAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCa < 1:1375398/50‑1 (MQ=255) tAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCa < 1:1061006/50‑1 (MQ=255) | GCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTATTTTGCTCGACACCATTGGCATCGCCTCGATATG > minE/1803529‑1803663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |