| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 713380 = | 41 (0.860) | 356 (8.140) | 84/94 | NT | 90.7% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | = 4125340 | 35 (0.800) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
Only 100 of 523 total aligned reads displayed.
GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATATT > W3110S.gb/713310‑713450 | gcacacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttttacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa > 1:423568‑M1/71‑71 (MQ=255) aGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTAt > 1:3222982/1‑71 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt > 1:169283‑M1/68‑70 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTc > 1:3740432‑M1/68‑71 (MQ=255) acgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgttttcacccgcgaaaaaataat < 1:4201115‑M1/2‑1 (MQ=255) acgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataAtt < 1:1459892‑M1/3‑1 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc > 1:1003560‑M1/65‑71 (MQ=255) gtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:4316898‑M1/7‑1 (MQ=255) taaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:381159‑M1/7‑1 (MQ=255) taaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:1943644‑M1/7‑1 (MQ=255) taaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGc < 1:1336943‑M1/7‑1 (MQ=255) taaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:3540426‑M1/64‑71 (MQ=255) aaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAg < 1:3769286‑M1/6‑1 (MQ=255) aaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt < 1:2396252‑M1/8‑1 (MQ=255) aaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTaa > 1:1749983‑M1/62‑71 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:2500809‑M1/12‑1 (MQ=255) aggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:1897420‑M1/59‑66 (MQ=255) aggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:3516633‑M1/12‑1 (MQ=255) gacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgc > 1:296381‑M1/54‑71 (MQ=255) acgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgc < 1:599095‑M1/18‑1 (MQ=255) cgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataa < 1:2873914‑M1/1‑1 (MQ=255) cgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcac < 1:2514021‑M1/20‑1 (MQ=255) actgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg < 1:3064889‑M1/22‑1 (MQ=255) tgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTaa > 1:106192‑M1/47‑56 (MQ=255) tgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGac > 1:1092739‑M1/47‑59 (MQ=255) tgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgc > 1:1303322‑M1/47‑64 (MQ=255) gctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataat < 1:1778405‑M1/2‑1 (MQ=255) ctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcac < 1:4105841‑M1/20‑1 (MQ=255) ctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCTCTGGAtt < 1:2895827‑M1/26‑1 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCt > 1:127352‑M1/42‑49 (MQ=255) gctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:3980965‑M1/42‑69 (MQ=255) ttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcac < 1:698067‑M1/20‑1 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg > 1:2096582‑M1/37‑53 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:3157334‑M1/37‑70 (MQ=255) tacatagcaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:2348000‑M1/36‑69 (MQ=255) aaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGatgaaaagga < 1:1544572‑M1/39‑4 (MQ=255) accaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGAtt < 1:3349447‑M1/41‑1 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg > 1:3864531‑M1/30‑46 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:1136853‑M1/30‑71 (MQ=255) aggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:3374397‑M1/42‑1 (MQ=255) ggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg < 1:2163636‑M1/45‑1 (MQ=255) ggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAg > 1:1196389‑M1/27‑71 (MQ=255) agtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa > 1:3895714‑M1/25‑67 (MQ=255) agtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGtt > 1:4344‑M1/25‑71 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:3250779‑M1/23‑64 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa > 1:2670699‑M1/23‑65 (MQ=255) tcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga < 1:541198‑M1/49‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGCCACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:3785663‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGttgac > 1:1033909‑M1/21‑69 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:2068664‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:96116‑M1/21‑70 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:662421‑M1/21‑70 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1371380‑M1/21‑70 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:1994521‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:3481511‑M1/50‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:2523635‑M1/21‑70 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat < 1:3325108‑M1/50‑1 (MQ=255) tttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:1645608‑M1/20‑61 (MQ=255) tttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:2817094‑M1/20‑69 (MQ=255) tataCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatga < 1:3169333/71‑1 (MQ=255) ttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:842959‑M1/53‑1 (MQ=255) ttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1578258‑M1/19‑68 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:3436340‑M1/53‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:4263673‑M1/53‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatga < 1:2787816‑M1/52‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga < 1:437562‑M1/49‑1 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:4414060/1‑70 (MQ=255) cacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACg > 1:4032196‑M1/17‑54 (MQ=255) cacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgatg > 1:2444069‑M1/17‑70 (MQ=255) cccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGa < 1:501883‑M1/39‑1 (MQ=255) cccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGa < 1:921458‑M1/39‑1 (MQ=255) ccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAAct > 1:3581996‑M1/14‑71 (MQ=255) cgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:1482825‑M1/13‑54 (MQ=255) cgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:880983‑M1/59‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc > 1:2258135/1‑71 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:3617353/71‑1 (MQ=255) cTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGAATAAGATg > 1:1236502/1‑44 (MQ=255) tGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa < 1:2625482/45‑1 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:3116475‑M1/12‑39 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga > 1:2322501‑M1/12‑60 (MQ=255) gcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAActc < 1:272487‑M1/59‑1 (MQ=255) ggCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtg > 1:2215045/1‑58 (MQ=255) ggCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa > 1:3085365/1‑71 (MQ=255) cgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:558502‑M1/11‑38 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:784336‑M1/10‑59 (MQ=255) gaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtga > 1:472080‑M1/10‑58 (MQ=255) aaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:2480791‑M1/9‑42 (MQ=255) aaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGaa < 1:72015‑M1/44‑1 (MQ=255) aaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatga > 1:2421008‑M1/9‑60 (MQ=255) aaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa < 1:1604309‑M1/56‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaa > 1:3310532‑M1/7‑41 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:2605168‑M1/65‑1 (MQ=255) aCTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGa < 1:3675391/45‑1 (MQ=255) aaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGaa < 1:1800316‑M1/44‑1 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa > 1:4282588/1‑40 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa > 1:3705363/1‑40 (MQ=255) aataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTa < 1:2296206‑M1/61‑1 (MQ=255) aataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCta > 1:3955021‑M1/5‑71 (MQ=255) aATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGaa < 1:1430934‑M1/56‑1 (MQ=255) ATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATAtt > 1:2566687‑M1/1‑71 (MQ=255) | GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTATATT > W3110S.gb/713310‑713450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |