| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2018583 | 1 (0.020) | 38 (0.830) | 30/98 | NT | 97.5% | coding (579/687 nt) | fliH | flagellar biosynthesis protein |
| ? | W3110S.gb | = 2521059 | NA (NA) | intergenic (+170/+30) | insL/yfeA | predicted transposase/predicted diguanylate cyclase | |||||
CAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > W3110S.gb/2018515‑2018653 | cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa < 1:3084549‑M1/70‑2 (MQ=255)cAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCa > 1:2442006‑M1/1‑69 (MQ=255)atcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCt < 1:1181704‑M1/15‑1 (MQ=255)atcggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCt < 1:2228384‑M1/15‑1 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc > 1:2796038‑M1/54‑70 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTcc < 1:3210276‑M1/17‑1 (MQ=255) ggcacgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCa < 1:2266682‑M1/18‑1 (MQ=255) cGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataag > 1:150558‑M1/1‑66 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCTTGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCat < 1:232919‑M1/66‑3 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcg > 1:1484052‑M1/1‑64 (MQ=255) tgtgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataa > 1:2848194‑M1/1‑64 (MQ=255) acgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATcc > 1:1888075‑M1/51‑71 (MQ=255) tgGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgct < 1:1763255‑M1/71‑10 (MQ=255) cgttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCt < 1:4369838‑M1/22‑1 (MQ=255) gttaaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTg < 1:1861415‑M1/23‑1 (MQ=255) gatgatATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:439077‑M1/70‑11 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:1484543‑M1/25‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:3505046‑M1/25‑1 (MQ=255) taaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc < 1:230890‑M1/25‑1 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc > 1:1551342‑M1/46‑70 (MQ=255) aaatcatatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTggc > 1:3381125‑M1/46‑70 (MQ=255) atatGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaactt < 1:3030383‑M1/70‑15 (MQ=255) catatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTg < 1:3584770‑M1/30‑1 (MQ=255) tGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagg > 1:3721394‑M1/1‑53 (MQ=255) atatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt > 1:3812187‑M1/41‑71 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt > 1:2334846‑M1/40‑70 (MQ=255) tatcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGt > 1:2329626‑M1/40‑70 (MQ=255) gCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaact > 1:2020209‑M1/1‑52 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGTGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggt > 1:296091‑M1/1‑51 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcg > 1:3192229‑M1/1‑51 (MQ=255) cTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataa > 1:694445‑M1/1‑51 (MQ=255) tcaggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTaaa > 1:3969541‑M1/38‑71 (MQ=255) tCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCCATCCCACCataagcgctaacttaaggg < 1:643863‑M1/69‑20 (MQ=255) aggcgtaataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGt < 1:650773‑M1/36‑1 (MQ=255) gcgtaataccacaacccttaagttacctcttatGGGCGATCCCACCCTCCATcc < 1:1664976‑M1/21‑1 (MQ=255) cTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaacca < 1:1306730‑M1/71‑28 (MQ=255) cTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgcta < 1:801674‑M1/54‑11 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:638162‑M1/31‑62 (MQ=255) taataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTa > 1:2981633‑M1/31‑62 (MQ=255) aCCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatc > 1:3725225‑M1/1‑42 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:2046109‑M1/1‑41 (MQ=255) ccTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccat < 1:2810855‑M1/69‑29 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtctc < 1:334626‑M1/39‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgcc < 1:3998833‑M1/43‑1 (MQ=255) ataccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTccgc < 1:2850716‑M1/42‑1 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:2013072‑M1/1‑38 (MQ=255) tAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatct > 1:922130‑M1/1‑38 (MQ=255) ccacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGAt < 1:3595965‑M1/46‑1 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:2552401‑M1/25‑71 (MQ=255) cacaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg > 1:72668‑M1/25‑71 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:1870772‑M1/1‑37 (MQ=255) aaGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:2529712‑M1/1‑37 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATg < 1:2977747‑M1/47‑1 (MQ=255) acaacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGa > 1:1895325‑M1/24‑71 (MQ=255) gTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg < 1:2656394‑M1/66‑32 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGtctc < 1:1620441‑M1/39‑1 (MQ=255) aacccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAg < 1:3285297‑M1/50‑1 (MQ=255) ttGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatg > 1:1771137‑M1/1‑33 (MQ=255) tGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg > 1:2810432‑M1/1‑32 (MQ=255) cccttaagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGc < 1:4086844‑M1/52‑1 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc > 1:1294046‑M1/1‑31 (MQ=255) gCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:1111455‑M1/70‑40 (MQ=255) aTGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaa > 1:538914‑M1/1‑29 (MQ=255) taagttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtc < 1:1497924‑M1/56‑1 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcc > 1:2915433‑M1/1‑26 (MQ=255) gctggcGCTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggtt > 1:1987166‑M1/1‑26 (MQ=255) agttagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGAtctc > 1:2579832‑M1/14‑71 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCt < 1:160927‑M1/29‑1 (MQ=255) tagcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGAc < 1:3806311‑M1/61‑1 (MQ=255) gcgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctc < 1:1599156‑M1/69‑48 (MQ=255) agcgcttatGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGAc < 1:3510854‑M1/61‑1 (MQ=255) cgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga < 1:697841‑M1/62‑42 (MQ=255) cgcTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga < 1:3040383‑M1/62‑42 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaa < 1:2811612‑M1/52‑34 (MQ=255) cTTGCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaaggg < 1:2736780‑M1/38‑20 (MQ=255) gCGGGGCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctc > 1:308577‑M1/1‑16 (MQ=255) ggCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt > 1:546392‑M1/1‑12 (MQ=255) gCGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaa < 1:446688‑M1/71‑61 (MQ=255) cGATCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt < 1:1890512‑M1/68‑59 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac < 1:2725453‑M1/71‑64 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac > 1:4356572‑M1/1‑8 (MQ=255) aTCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctg < 1:45494‑M1/39‑32 (MQ=255) tCCCACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgc < 1:2293617‑M1/46‑40 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga > 1:3204053‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:2104120‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaaga > 1:4153437‑M1/1‑6 (MQ=255) cccACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCg > 1:2517046/1‑71 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga < 1:2072837‑M1/70‑66 (MQ=255) ccaccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga < 1:2465678‑M1/70‑66 (MQ=255) caccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaag < 1:940732‑M1/38‑35 (MQ=255) cACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCt > 1:3303210/1‑71 (MQ=255) cACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCt < 1:3452766/71‑1 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcc > 1:1675761‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacga > 1:3128302‑M1/1‑2 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagac < 1:399510‑M1/65‑64 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgtt < 1:1373219‑M1/60‑59 (MQ=255) ccataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcga > 1:4369808‑M1/1‑2 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaagacgatgcct < 1:904783‑M1/71‑71 (MQ=255) cataagcgctaacttaagggttgaaccatctgaagaatgcgacgcctcggtgcctcgttaa < 1:3574303‑M1/61‑61 (MQ=255) | CAACGTGTGGATGATATGCTCGGCGCTACCTTAAGTTTGCATGGCTGGCGCTTGCGGGGCGATCCCACCCTCCATCCTGGCGGCTGTAAAGTCTCCGCCGATGAAGGCGATCTCGACGCCAGTGTCGCCACTCGCTGGC > W3110S.gb/2018515‑2018653 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |