| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 60 (1.260) | 29/102 | NT | 98.4% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 1 (0.020) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTAT > W3110S.gb/576843‑576980 | catcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt > 1:3229687/1‑71 (MQ=255) catTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga < 1:3988447‑M2/71‑4 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:4206195‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga > 1:187164‑M2/1‑67 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATAACTtgat < 1:3775123‑M2/71‑5 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCa < 1:1158113‑M2/9‑1 (MQ=255) ggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCa < 1:2569685‑M2/9‑1 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:269351‑M2/70‑7 (MQ=255) aCGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:3459785‑M2/70‑7 (MQ=255) gaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg > 1:3294106‑M2/61‑71 (MQ=255) gaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg > 1:2354812‑M2/61‑71 (MQ=255) cGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctta < 1:3525855‑M2/71‑9 (MQ=255) cGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatctta < 1:2624606‑M2/71‑9 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGt > 1:187445‑M2/60‑71 (MQ=255) acaatttgaaaacaagaccctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGc > 1:300318‑M2/59‑64 (MQ=255) aatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtatgatcaACTGGCCCAAGTGGt < 1:3393176‑M2/15‑1 (MQ=255) aGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccag > 1:847588‑M2/1‑58 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:3616425‑M2/54‑71 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:2559850‑M2/54‑71 (MQ=255) ccGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagca > 1:2371922‑M2/1‑56 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:206969‑M2/18‑1 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:1741889‑M2/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:2865579‑M2/1‑55 (MQ=255) cGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa > 1:4117845‑M2/1‑55 (MQ=255) gaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCaa > 1:1814777‑M2/52‑61 (MQ=255) aaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg > 1:2502594‑M2/50‑71 (MQ=255) aaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg < 1:1552295‑M2/22‑1 (MQ=255) aagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACg > 1:1363639‑M2/46‑64 (MQ=255) tgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggaca < 1:3733893‑M2/71‑26 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:4037953‑M2/28‑1 (MQ=255) gaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:930495‑M2/28‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:725351‑M2/1‑41 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:3961634‑M2/28‑1 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1129465‑M2/39‑71 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt > 1:1518468‑M2/38‑40 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtg > 1:1075962‑M2/38‑71 (MQ=255) gttggcgGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttaccca < 1:1740767‑M2/49‑13 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGGATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:3020455‑M2/70‑32 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacaggcggct > 1:7341‑M2/1‑38 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:2390167‑M2/1‑38 (MQ=255) tggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct < 1:1395577‑M2/69‑33 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:3917796‑M2/1‑35 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:1440744‑M2/1‑35 (MQ=255) aggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAg < 1:1502311‑M2/38‑1 (MQ=255) aggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:743909‑M2/33‑71 (MQ=255) tgaGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:951446‑M2/2‑33 (MQ=255) ggAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaat > 1:1259378‑M2/1‑33 (MQ=255) ctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa > 1:1081417‑M2/29‑58 (MQ=255) gCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagt > 1:2905109‑M2/1‑30 (MQ=255) gtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcata > 1:3035511‑M2/27‑71 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac > 1:639185‑M2/26‑71 (MQ=255) tGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactc < 1:586606‑M2/71‑47 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct < 1:3418243‑M2/71‑48 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactc > 1:2168439‑M2/1‑24 (MQ=255) cTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctc > 1:1914984‑M2/1‑23 (MQ=255) atattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:933554‑M2/21‑70 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:3408516‑M2/28‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGTAAGGTGTCAGCTAcataccatac > 1:2043373‑M2/20‑70 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt < 1:4165127‑M2/35‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:1565373‑M2/41‑1 (MQ=255) tataGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:3735263‑M2/1‑22 (MQ=255) tataGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt < 1:1116954/45‑1 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:3925262‑M2/28‑1 (MQ=255) attacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTgg < 1:4196173‑M2/28‑1 (MQ=255) ttgcgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:1898910‑M2/18‑69 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:3182187‑M2/18‑56 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc > 1:407127‑M2/18‑59 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACaaa < 1:1383964‑M2/54‑1 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:2604800‑M2/18‑69 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:908571‑M2/71‑52 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacacagcaatagtggacacgcggct < 1:1343665‑M2/52‑33 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagt < 1:3246559‑M2/69‑52 (MQ=255) gCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctc > 1:1635421‑M2/1‑18 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:2822053‑M2/1‑17 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:3477082‑M2/1‑17 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata < 1:2255576‑M2/58‑1 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata < 1:70746‑M2/58‑1 (MQ=255) tCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:917516‑M2/1‑15 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggt < 1:2597648‑M2/71‑59 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgga < 1:2590811‑M2/36‑24 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:1038871‑M2/62‑1 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:2617161‑M2/62‑1 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGaa < 1:3753622‑M2/30‑1 (MQ=255) ttAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgact < 1:661082‑M2/71‑63 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:1084788‑M2/41‑1 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTgg < 1:2928316‑M2/65‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:2693357‑M2/67‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:679377‑M2/4‑51 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:3052351‑M2/67‑1 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:3868978‑M2/4‑70 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:2702008‑M2/4‑70 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa < 1:1675909‑M2/69‑1 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTAt > 1:849620‑M2/2‑71 (MQ=255) aCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:2390390‑M2/1‑3 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAc > 1:3253217/1‑42 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:4384350/52‑1 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:4291584/52‑1 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa < 1:398052/52‑1 (MQ=255) cTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGa < 1:11511/55‑1 (MQ=255) tGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:2276282/39‑1 (MQ=255) | CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTAT > W3110S.gb/576843‑576980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |