| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,040,233 | C→T | 9.2% | C172C (TGC→TGT) | appB → | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,040,233 | 0 | C | T | 9.2% | 223.9 / 9.4 | 76 | C172C (TGC→TGT) | appB | cytochrome bd‑II oxidase, subunit II |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (32/37); new base T (3/4); total (35/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
ACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTG > W3110S.gb/1040165‑1040302 | acacCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCgg < 1:2869557/71‑1 (MQ=255)acacCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCg < 1:371697/70‑1 (MQ=255)acacCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTACCTTTATTGTGCg < 1:2286349/70‑1 (MQ=255) gCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGc > 1:1188513/1‑71 (MQ=255) ttACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCg < 1:4041134/61‑1 (MQ=255) gcgTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCtt < 1:3131650/71‑1 (MQ=255) gcgTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCtt < 1:2199646/71‑1 (MQ=255) gcgTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCtt < 1:929491/71‑1 (MQ=255) cgTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTg < 1:3564185/71‑1 (MQ=255) gTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGcc > 1:1272228/1‑67 (MQ=255) gTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTgg > 1:2496415/1‑71 (MQ=255) gTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTgg < 1:1184367/71‑1 (MQ=255) ggAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGc > 1:2122951/1‑64 (MQ=255) gAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGa < 1:1027793/70‑1 (MQ=255) gAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGAt < 1:3497937/71‑1 (MQ=255) gAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGAt < 1:2517468/71‑1 (MQ=255) gAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGAt > 1:2224654/1‑71 (MQ=255) aGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGAt < 1:2905514/70‑1 (MQ=255) aTCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGt > 1:4347905/1‑70 (MQ=255) aTCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGt > 1:821199/1‑70 (MQ=255) aTCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGt > 1:1745079/1‑70 (MQ=255) tctcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGa > 1:1642302/1‑71 (MQ=255) tctcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGa > 1:4346771/1‑71 (MQ=255) tctcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGa > 1:170127/1‑71 (MQ=255) tctcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGa > 1:1664581/1‑71 (MQ=255) tcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAtt > 1:3690924/1‑71 (MQ=255) tcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAtt > 1:1893781/1‑71 (MQ=255) tcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAtt > 1:2423850/1‑71 (MQ=255) tcGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAtt > 1:4332976/1‑71 (MQ=255) ggCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAttt < 1:597941/70‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAtt < 1:3832748/69‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAtt < 1:1499536/69‑1 (MQ=255) ggCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGAt < 1:1668846/68‑1 (MQ=255) cAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGcc < 1:680712/53‑1 (MQ=255) cAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGc < 1:2728578/71‑1 (MQ=255) aGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCa < 1:287270/71‑1 (MQ=255) gCTTCTGGCATCTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCaa < 1:1599675/71‑1 (MQ=255) cTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCaa < 1:4139604/70‑1 (MQ=255) ttCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGc < 1:1358162/67‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCtaa > 1:3723417/1‑43 (MQ=255) tCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCtt < 1:3300038/50‑1 (MQ=255) tCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTggg > 1:430087/1‑53 (MQ=255) tCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTggg > 1:395168/1‑53 (MQ=255) tCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTggg > 1:2133211/1‑53 (MQ=255) tCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGt > 1:1080131/1‑71 (MQ=255) cTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGa > 1:2716568/1‑37 (MQ=255) ggCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGa > 1:677333/1‑51 (MQ=255) ggCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGa > 1:4414665/1‑51 (MQ=255) gCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTg < 1:1496377/68‑1 (MQ=255) gCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCg > 1:3055530/1‑71 (MQ=255) aaCTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTc < 1:97977/71‑1 (MQ=255) aCTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAg < 1:2257875/62‑1 (MQ=255) ctgctgACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCt < 1:3353582/35‑1 (MQ=255) ctgctgACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTg > 1:4044975/1‑71 (MQ=255) tgctgACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTg > 1:2079908/1‑70 (MQ=255) gctgACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCaa > 1:47590/1‑58 (MQ=255) aCGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTg < 1:4298862/65‑1 (MQ=255) aCGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTg < 1:3672754/65‑1 (MQ=255) aCGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTg < 1:4293642/65‑1 (MQ=255) aCGCCATTCCCTTTATTGTGTGGATTGCTCAGTCTTGGGATGGGGATTTTGCAAGGTGGCGTCTg < 1:136167/65‑1 (MQ=255) aCGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTc > 1:914646/1‑63 (MQ=255) gCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAAc > 1:645536/1‑71 (MQ=255) ccATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAg < 1:2723012/52‑1 (MQ=255) ccATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAg < 1:624489/52‑1 (MQ=255) cATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACt > 1:3152314/1‑70 (MQ=255) ttCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGc < 1:4168545/46‑1 (MQ=255) ttCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGc < 1:4415568/46‑1 (MQ=255) ttCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGaa < 1:3773919/71‑1 (MQ=255) cccTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAg > 1:859030/1‑47 (MQ=255) cTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACt < 1:615529/71‑1 (MQ=255) tttATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTAc < 1:663397/59‑1 (MQ=255) tATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGtt > 1:2800743/1‑71 (MQ=255) tATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGtt > 1:2289234/1‑71 (MQ=255) tATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGt < 1:3358427/70‑1 (MQ=255) tATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGt < 1:2214075/70‑1 (MQ=255) gtgCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGgtg > 1:4402351/1‑71 (MQ=255) cGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGtgtg < 1:914916/70‑1 (MQ=255) | ACACCGCAATTACGCGTGGAGTATCTCGGCAGCTTCTGGCAACTGCTGACGCCATTCCCTTTATTGTGCGGATTGCTCAGCCTTGGGATGGTGATTTTGCAAGGTGGCGTCTGGTTACAACTGAAAACTGTTGGTGTG > W3110S.gb/1040165‑1040302 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |