| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 3,143,614 | A→G | 5.5% | N61N (AAT→AAC) | hybA ← | hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 3,143,614 | 0 | A | G | 5.5% | 194.9 / 2.7 | 72 | N61N (AAT→AAC) | hybA | hydrogenase 2 4Fe‑4S ferredoxin‑type component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/41); new base G (2/2); total (29/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
ATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATCCC > W3110S.gb/3143545‑3143682 | aTTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGaaa < 1:41814/70‑1 (MQ=255) ttGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAAtt < 1:1249051/71‑1 (MQ=255) gTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCCACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGat < 1:4086335/71‑1 (MQ=255) tataCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAAtt < 1:3433492/67‑1 (MQ=255) tataCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGa < 1:3629344/69‑1 (MQ=255) ataCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGa > 1:3927885/1‑68 (MQ=255) taCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGata < 1:917960/69‑1 (MQ=255) taCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGata < 1:2832244/69‑1 (MQ=255) taCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATc < 1:3169075/71‑1 (MQ=255) taCGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATc < 1:1434442/71‑1 (MQ=255) cGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCt < 1:804466/71‑1 (MQ=255) cGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCt > 1:2820021/1‑71 (MQ=255) cAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATcc > 1:3201466/1‑64 (MQ=255) cAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACt < 1:2704023/71‑1 (MQ=255) aGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCt < 1:3545862/64‑1 (MQ=255) aGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACtt < 1:1833122/71‑1 (MQ=255) aGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACtt < 1:4121207/71‑1 (MQ=255) gTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCt < 1:3651556/63‑1 (MQ=255) gTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCt < 1:3991716/63‑1 (MQ=255) gTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTg < 1:3745807/71‑1 (MQ=255) gTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTg < 1:1961447/71‑1 (MQ=255) ttGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGaaa > 1:1026552/1‑51 (MQ=255) ttGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGa > 1:513312/1‑63 (MQ=255) ttGTCGTTGTTCGAC‑‑GGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGa > 1:1977427/1‑61 (MQ=255) tGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGt > 1:2703214/1‑70 (MQ=255) gTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAGTTGATATCCTGACACTTGGTg < 1:1543433/70‑1 (MQ=255) gTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAGTTGATATCCTGACACTTGGTg < 1:1538376/70‑1 (MQ=255) gTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTg < 1:2322052/70‑1 (MQ=255) gttgttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGGGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATc > 1:1060844/1‑54 (MQ=255) gttgttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAAtt < 1:2575419/48‑1 (MQ=255) gttgttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGc < 1:1485560/71‑1 (MQ=255) gttgttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGc < 1:3623492/71‑1 (MQ=255) ttgttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCa < 1:3760900/71‑1 (MQ=255) tgttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGa > 1:25109/1‑48 (MQ=255) gttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAGTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAg > 1:1884935/1‑71 (MQ=255) gttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAGTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAg > 1:1889962/1‑71 (MQ=255) gttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGc > 1:217569/1‑68 (MQ=255) ttCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGc < 1:204090/71‑1 (MQ=255) cGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGcc < 1:4250979/70‑1 (MQ=255) aGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTAGGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAg < 1:2635411/71‑1 (MQ=255) aGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATc > 1:2152566/1‑43 (MQ=255) aGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGa < 1:1092189/47‑1 (MQ=255) aGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGa < 1:629695/47‑1 (MQ=255) gTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAAtt < 1:3225754/35‑1 (MQ=255) cTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTa > 1:2151593/1‑71 (MQ=255) tGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGt < 1:251251/50‑1 (MQ=255) tGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTg > 1:3888161/1‑62 (MQ=255) ttCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGc < 1:50133/71‑1 (MQ=255) ccccTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTAc > 1:1408695/1‑67 (MQ=255) ccTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTg > 1:4262217/1‑35 (MQ=255) ccTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTg > 1:4076732/1‑35 (MQ=255) 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(MQ=255) tCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTac > 1:112739/1‑69 (MQ=255) cAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACaa > 1:287330/1‑55 (MQ=255) cAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTacaa < 1:152606/70‑1 (MQ=255) cAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTacaa > 1:3545341/1‑70 (MQ=255) aGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAg < 1:516648/43‑1 (MQ=255) aGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTacaaca < 1:3035813/71‑1 (MQ=255) gggAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGc > 1:2794038/1‑43 (MQ=255) ggAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATc > 1:1243446/1‑71 (MQ=255) ggAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATc > 1:1362066/1‑71 (MQ=255) gAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGcac < 1:3429151/49‑1 (MQ=255) gAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGcac < 1:1593795/49‑1 (MQ=255) gAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATcc > 1:2326575/1‑71 (MQ=255) aaaTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATccc < 1:3760762/71‑1 (MQ=255) aaaTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATccc > 1:2675366/1‑71 (MQ=255) aaaTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATccc > 1:93347/1‑71 (MQ=255) aTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACaa > 1:1232026/1‑48 (MQ=255) aTTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATccc > 1:408297/1‑69 (MQ=255) | ATTGGTATACGGCGACAGTTTGTCGTTGTTCGACCAGGTCTGTTCCCCTTGCGGGTTACGTTCAGGGAAATTGATATCCTGACACTTGGTGACGCAAGCCTGGCAGCCTACGCACAAGGTCGAGTCGTACAACATCCC > W3110S.gb/3143545‑3143682 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |