| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 205097 = | 55 (1.130) | 48 (1.260) +TTATAACATTT |
21/78 | NT | 58.6% | intergenic (+8/‑29) | rnhB/dnaE | ribonuclease HII, degrades RNA of DNA‑RNA hybrids/DNA polymerase III alpha subunit |
| ? | W3110S.gb | 1624400 = | 32 (0.660) | intergenic (+167/+274) | ydeE/ydeH | predicted transporter/conserved hypothetical protein | |||||
GACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/205130‑205097‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATTTTATTTTCTGGT > W3110S.gb/1624400‑1624416 ||||||||||| gtCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA < 1:4408330/51‑1gtCATCTTCAGATTACGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTT < 1:581379/49‑1 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT > 1:409821/2‑55 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA > 1:4384158/2‑41 tCATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTT < 1:2790726/34‑1 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTcca > 1:1361295/1‑57 CATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATATTA > 1:2753421/1‑51 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc < 1:4427672/57‑2 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:1579126/1‑52 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAAT < 1:4262913/46‑1 ATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTAT > 1:3177173/1‑35 TCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAA > 1:2767162/1‑36 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:2173194/1‑49 CTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:2962841/41‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc < 1:2724916/54‑2 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc < 1:337398/54‑2 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:2537795/1‑51 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:953609/1‑49 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:4481205/1‑48 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA > 1:323394/1‑47 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA > 1:999558/1‑47 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:1750810/1‑42 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATT > 1:1849770/1‑38 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACAT < 1:4565109/37‑1 TTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACA < 1:3225792/36‑1 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc < 1:837541/53‑2 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:4118660/1‑50 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:948870/1‑50 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:2621185/48‑1 TCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:3220547/1‑41 CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:3685368/1‑49 CAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:2892478/1‑46 GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:3149344/45‑1 GATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA > 1:2167607/1‑43 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:891369/1‑46 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAAT < 1:4472562/38‑1 ATTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTT < 1:3813700/35‑1 TTCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA < 1:548093/36‑1 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc > 1:899943/1‑46 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT > 1:1312306/1‑46 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT < 1:2783656/44‑1 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:4137990/42‑1 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:599860/1‑35 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:1262620/1‑35 TCCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAA > 1:4507847/1‑35 CCGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT > 1:4428693/1‑40 aGGTTTCCTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT > 1:1709/2‑40 CGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT < 1:2899657/41‑1 CGGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA < 1:2095997/38‑1 GGTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTcc < 1:2469908/45‑3 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:3085081/38‑1 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA < 1:825708/36‑1 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:4600559/35‑1 GTTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTT < 1:2194970/35‑1 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCTc < 1:2372570/42‑2 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT < 1:1633963/41‑1 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTCT < 1:409736/41‑1 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTAT < 1:1277357/36‑1 TTTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTA < 1:1816180/35‑1 TTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC > 1:1058554/1‑39 TTACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATT < 1:1568017/36‑1 TACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:2312005/1‑37 TACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTT > 1:3526147/1‑36 ACTTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTT > 1:3606815/1‑36 TTAATCTCGACTTATAACATTTTAATTTTATTTTC < 1:1560942/35‑1 ||||||||||| GACATCTTCAGATTCCGGTTTACTTAATCTCGAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < W3110S.gb/205130‑205097‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TAATTTTATTTTCTGGT > W3110S.gb/1624400‑1624416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |