| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 566000 = | NA (NA) | 51 (1.050) | 39/100 | NT | 100% | intergenic (+90/‑56) | ybcD/insE | DLP12 prophage region; ECK0532:JW0527:b4508; predicted replication protein fragment/IS3 element protein InsE |
| ? | W3110S.gb | = 576913 | 0 (0.000) | coding (78/498 nt) | ybcS | predicted lysozyme | |||||
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > W3110S.gb/576843‑576981 | tcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt > 1:4602203‑M2/69‑71 (MQ=255)catcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt > 1:1853553/1‑71 (MQ=255)catcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt > 1:4252473/1‑71 (MQ=255) cagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTg > 1:2858650‑M2/68‑71 (MQ=255) tcatTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtg > 1:4141330‑M2/1‑69 (MQ=255) agtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:3437362‑M2/3‑1 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:2142604‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgat < 1:1936929‑M2/71‑5 (MQ=255) atTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtga < 1:127509‑M2/70‑4 (MQ=255) tACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatct < 1:4273736‑M2/71‑7 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACt < 1:2740016‑M2/3‑1 (MQ=255) cggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGccc < 1:71321‑M2/8‑1 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTgg < 1:3947269‑M2/5‑1 (MQ=255) aacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGt < 1:3088486‑M2/12‑1 (MQ=255) aaaGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacc < 1:1996637‑M2/70‑11 (MQ=255) tttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTaa > 1:759903‑M2/55‑71 (MQ=255) gCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccag < 1:2322260‑M2/70‑14 (MQ=255) gCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCCATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagc > 1:645208‑M2/1‑57 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTaa > 1:1433855‑M2/54‑70 (MQ=255) ttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:1008712‑M2/54‑71 (MQ=255) tgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc > 1:1571357‑M2/53‑70 (MQ=255) gTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaa < 1:3770342‑M2/70‑17 (MQ=255) aaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATg < 1:728958‑M2/22‑1 (MQ=255) gctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaata > 1:1360741‑M2/1‑51 (MQ=255) ctgctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:947992‑M2/1‑50 (MQ=255) acaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATgg > 1:622127‑M2/48‑70 (MQ=255) aagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt > 1:701‑M2/46‑71 (MQ=255) ctgctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtgg > 1:3131071‑M2/1‑47 (MQ=255) agaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGt > 1:2994685‑M2/45‑68 (MQ=255) gctATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCTGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacac < 1:2833919‑M2/71‑27 (MQ=255) ctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGt < 1:3346327‑M2/12‑1 (MQ=255) ttGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatag > 1:3173387‑M2/1‑41 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCt < 1:96304‑M2/26‑1 (MQ=255) tcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgt > 1:1112698‑M2/39‑71 (MQ=255) cgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtg > 1:3155394‑M2/38‑71 (MQ=255) ggtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:2284956‑M2/70‑32 (MQ=255) gcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt > 1:2156605‑M2/37‑71 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggcta > 1:2086734‑M2/1‑38 (MQ=255) gtggCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggc < 1:4569996‑M2/69‑32 (MQ=255) cttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt > 1:267687‑M2/36‑70 (MQ=255) taggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGa > 1:3983897‑M2/34‑53 (MQ=255) taggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg > 1:2919258‑M2/34‑64 (MQ=255) taggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAg > 1:1747458‑M2/34‑71 (MQ=255) gCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACt < 1:1596292/35‑1 (MQ=255) cGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtg > 1:3231821‑M2/1‑34 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:3694650‑M2/41‑1 (MQ=255) gcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTa < 1:3347640‑M2/41‑1 (MQ=255) aGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:2994997‑M2/66‑36 (MQ=255) gtgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcat > 1:3762307‑M2/27‑70 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAg > 1:1217733‑M2/26‑36 (MQ=255) tgtccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac > 1:1570647‑M2/26‑71 (MQ=255) ttGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagt < 1:2009819‑M2/46‑21 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAAc < 1:256043‑M2/18‑1 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg > 1:2768071‑M2/24‑54 (MQ=255) tccatattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca < 1:2651657‑M2/48‑1 (MQ=255) tccatattacgtgggtacgatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatac < 1:3056445‑M2/46‑1 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacgcagc < 1:1454863‑M2/38‑15 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct < 1:2939999‑M2/71‑48 (MQ=255) gCTATAGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactct < 1:2605497‑M2/71‑48 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTc < 1:1240775‑M2/36‑1 (MQ=255) tattacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccatac > 1:3893152‑M2/20‑70 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACg > 1:1066967‑M2/18‑36 (MQ=255) ttacgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:3984584‑M2/18‑69 (MQ=255) taGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtg > 1:1830054‑M2/1‑20 (MQ=255) aGCATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtg > 1:2352044‑M2/1‑19 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:4190202‑M2/16‑63 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcatacca > 1:4198453‑M2/16‑63 (MQ=255) acgtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACa > 1:2875747‑M2/16‑67 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcag > 1:1395867‑M2/1‑17 (MQ=255) cATCAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtca > 1:331106‑M2/1‑17 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:732242‑M2/14‑71 (MQ=255) gtgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGata > 1:3398671‑M2/14‑71 (MQ=255) tgggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat < 1:1004608‑M2/59‑1 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag < 1:2055716‑M2/70‑57 (MQ=255) cAGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagag < 1:2445392‑M2/70‑57 (MQ=255) ggtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttg < 1:3310010‑M2/61‑1 (MQ=255) aGTGTTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaag < 1:883748‑M2/48‑36 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAg > 1:3501561‑M2/10‑40 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:3663417‑M2/62‑1 (MQ=255) gtaggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgt < 1:524721‑M2/62‑1 (MQ=255) taggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGatat < 1:3390056‑M2/59‑1 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtga > 1:1011894‑M2/1‑10 (MQ=255) gtTAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggct > 1:1687957‑M2/1‑10 (MQ=255) aggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttgttg > 1:1297586‑M2/8‑71 (MQ=255) ggatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTgg > 1:3876587‑M2/7‑71 (MQ=255) tAATCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa < 1:887478‑M2/42‑35 (MQ=255) gatcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATAttg < 1:1092591‑M2/61‑1 (MQ=255) atcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg < 1:3909416‑M2/67‑1 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagtaaactctcagtcagaggtgactc > 1:4556246‑M2/1‑7 (MQ=255) aaTCACTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaa < 1:317492‑M2/41‑35 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCt > 1:534837‑M2/4‑43 (MQ=255) tcaACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGgtg > 1:2811190‑M2/4‑70 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcat > 1:779313‑M2/3‑46 (MQ=255) caACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa > 1:1647484‑M2/3‑71 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATTGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTa < 1:497018‑M2/69‑1 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGgtgt > 1:4111280‑M2/2‑36 (MQ=255) aACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTAcataccata > 1:1872217‑M2/2‑51 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGc > 1:703316/1‑39 (MQ=255) aCTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATg < 1:3263916/71‑1 (MQ=255) cTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagta > 1:719918‑M2/1‑2 (MQ=255) | CATCATTACGAAAAGCCGTTGCTGCTGCTATTGGTGGCGGAGCAATTGCTATAGCATCAGTGTTAATCACTGGCCCAAGTGGTAACGATGGTCTGGAAGGTGTCAGCTACATACCATACAAAGATATTGTTGGTGTATG > W3110S.gb/576843‑576981 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |