| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 58 (1.190) | 36/100 | NT | 92.1% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 5 (0.100) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748739‑3748877 | gacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:1716938‑M1/10‑1 (MQ=255)cGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg < 1:2608999‑M2/71‑3 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:2374978‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt < 1:3935584‑M2/71‑4 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccctaataacatt > 1:2753589‑M1/60‑68 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata > 1:1754525‑M1/60‑71 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg < 1:3633686‑M2/71‑8 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat > 1:451861‑M2/1‑64 (MQ=255) gtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg < 1:2158066‑M1/17‑1 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCg < 1:4138490‑M1/17‑1 (MQ=255) aTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAg < 1:2874908‑M2/63‑2 (MQ=255) cgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt < 1:629129‑M1/21‑1 (MQ=255) tGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaa < 1:4298280‑M2/71‑15 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:828758‑M1/49‑70 (MQ=255) gcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:2868564‑M1/47‑71 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt > 1:4376327‑M2/1‑54 (MQ=255) tGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactt > 1:1419046‑M2/1‑54 (MQ=255) ttatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAg > 1:2669838‑M1/44‑68 (MQ=255) tatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAt > 1:1924734‑M1/43‑70 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact < 1:1104346‑M2/70‑21 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt < 1:4398546‑M1/29‑1 (MQ=255) atctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCAtt > 1:3059010‑M1/42‑70 (MQ=255) gtgtTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgct > 1:3306709‑M2/1‑49 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt > 1:885913‑M2/1‑46 (MQ=255) gaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg > 1:1371315‑M1/38‑59 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:3005403‑M1/37‑69 (MQ=255) acataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAcc > 1:1366944‑M1/36‑71 (MQ=255) ataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAg > 1:3522343‑M1/34‑71 (MQ=255) cTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:3906360‑M2/1‑40 (MQ=255) tGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat < 1:3570161‑M2/71‑33 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaa < 1:476043‑M1/10‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:49546‑M1/27‑1 (MQ=255) aaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:2328011‑M1/31‑70 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt > 1:1508803‑M2/1‑37 (MQ=255) actatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa > 1:4550855‑M1/27‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1472585‑M1/26‑71 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt > 1:1504242‑M1/26‑71 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:3589266‑M2/1‑32 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTaataacaataa < 1:3725973‑M1/13‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCTGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2287495‑M1/35‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAAc < 1:2527816‑M1/35‑1 (MQ=255) tcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAg < 1:1347624‑M1/49‑1 (MQ=255) gggATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgat > 1:4175812‑M2/1‑29 (MQ=255) aataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:532394‑M1/20‑1 (MQ=255) ataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:872187‑M1/20‑37 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCa < 1:3972508‑M1/27‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:540946‑M1/44‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:2226668‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgattgtgttttt > 1:4066451‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:944583‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:3522415‑M2/1‑27 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc < 1:1618637‑M2/39‑13 (MQ=255) aagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:239055‑M1/34‑1 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:78048‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1310638‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:2066966‑M2/70‑45 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1597190‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt < 1:3665042‑M2/69‑45 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:3673152‑M2/1‑25 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt < 1:1306353‑M1/52‑1 (MQ=255) agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1926010‑M1/17‑71 (MQ=255) gttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaa > 1:328365‑M1/16‑48 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:2214434‑M2/71‑48 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2759528‑M2/1‑24 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2665158‑M2/1‑24 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg < 1:4174559‑M2/71‑49 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgcttccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggt < 1:94238‑M2/71‑50 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 1:3933410‑M2/1‑22 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtt > 1:3269967‑M2/1‑22 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:976711‑M2/38‑19 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:1546350‑M2/38‑19 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaactta < 1:2954866‑M2/38‑19 (MQ=255) agtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAACGAAGCATTGAAAACCa < 1:3428719‑M1/37‑1 (MQ=255) aaaTTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt < 1:3171249‑M2/43‑25 (MQ=255) tcattaccCTAATAACAATAACCCTGAATGAAGCATTGAAAACCAGGc > 1:1834273‑M1/9‑48 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcca > 1:3116335‑M2/1‑16 (MQ=255) tttGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatt > 1:2897123‑M2/1‑16 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCaa < 1:3458597‑M1/42‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:2563844‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:1834598‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATCATAAGGATAAaggt > 1:2800718‑M1/7‑63 (MQ=255) tGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccag > 1:965437‑M2/1‑14 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:3348712‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:1140433‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:2792816‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct < 1:2595360‑M2/70‑62 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggc > 1:2248381‑M2/1‑9 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggc > 1:872650‑M2/1‑9 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:2779875‑M2/1‑9 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAg < 1:3825739/56‑1 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc < 1:1062227/71‑1 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:3790096/52‑1 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgt > 1:2938623‑M2/1‑5 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1526872/1‑50 (MQ=255) aaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2146379‑M2/1‑4 (MQ=255) aaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:2606581‑M2/1‑4 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGc < 1:1547843/70‑1 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgttt < 1:3246401‑M2/71‑69 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtt < 1:1776836‑M2/70‑68 (MQ=255) cAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg < 1:3253860‑M2/47‑46 (MQ=255) | CGATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748739‑3748877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |