| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 90.5% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 90.5% | 1066.6 / 82.8 | 391 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/22); new base T (168/186); total (183/208) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 392 total aligned reads displayed.
GAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACC > W3110S.gb/70365‑70502 | tggGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATc < 1:3926361/71‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtg < 1:1793022/71‑1 (MQ=255) gAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCTGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg < 1:1209678/71‑1 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt < 1:3547215/71‑1 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt > 1:2443003/1‑71 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtg < 1:3305983/71‑1 (MQ=255) gTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtg > 1:4018721/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGc < 1:1399277/70‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt < 1:1958983/71‑1 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:311181/58‑1 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtgg < 1:2169806/37‑1 (MQ=255) ccccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa > 1:1999482/1‑71 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCTTCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:1576214/71‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa < 1:1066348/70‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:1546127/71‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa < 1:2776418/70‑1 (MQ=255) cccTGATGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:2214214/71‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt < 1:2495398/68‑1 (MQ=255) ccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc < 1:2378001/71‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCgg < 1:3167580/40‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGc < 1:557257/49‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGc < 1:1015941/49‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:1005940/56‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTa > 1:2288179/1‑68 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtct > 1:1895415/1‑71 (MQ=255) tgctgcGGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtctc > 1:588120/1‑71 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt < 1:698531/43‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:3338581/1‑55 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:4271992/1‑55 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTa > 1:4361803/1‑43 (MQ=255) 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tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:3189691/37‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:3042487/38‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGGTATCTCGATTTTTTTATc < 1:3762798/66‑1 (MQ=255) ttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga > 1:3844621/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:3570737/1‑71 (MQ=255) | GAATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGACC > W3110S.gb/70365‑70502 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |