| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 1,303,631 | C→T | 100% | Q246Y (CAG→TAT) | oppA → | oligopeptide transporter subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,303,631 | 0 | C | T | 100.0% | 204.9 / NA | 71 | Q246Y (CAG→TAT) | oppA | oligopeptide transporter subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (34/37); total (34/37) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303569‑1303696 | acgaacgaATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAAcc < 1:3014966/71‑1 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:900305/71‑1 (MQ=255) gaacgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:912409/71‑1 (MQ=255) acgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt < 1:1106698/71‑1 (MQ=255) cgaaTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAttt < 1:780879/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:4480910/71‑1 (MQ=255) aTCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:1077848/71‑1 (MQ=255) tCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCt < 1:911339/71‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGcc < 1:1620472/69‑1 (MQ=255) cGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:1743840/1‑71 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAtt > 1:3644298/1‑64 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa < 1:1832620/70‑1 (MQ=255) gTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:745148/1‑70 (MQ=255) ttCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:1621232/61‑1 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACTTATTTGCCTATTGCTTc > 1:3629786/1‑71 (MQ=255) gAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt < 1:2662004/69‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:1515418/71‑1 (MQ=255) aCGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:618572/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:740260/71‑1 (MQ=255) cGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGa < 1:3361300/71‑1 (MQ=255) cAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCt > 1:1117021/1‑64 (MQ=255) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa < 1:1025481/49‑1 (MQ=39) gCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt < 1:2796781/59‑1 (MQ=255) cccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTa > 1:4294260/1‑71 (MQ=255) ccGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAc > 1:1603521/1‑71 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAccc < 1:1969647/44‑1 (MQ=37) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCt < 1:611982/62‑1 (MQ=255) cGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTAcc < 1:2580170/71‑1 (MQ=255) gACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTg > 1:4527212/1‑49 (MQ=39) aCCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt < 1:2857425/45‑1 (MQ=38) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTAt > 1:3386578/1‑41 (MQ=38) aCTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGt > 1:2588267/1‑70 (MQ=255) caggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTACCCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGt < 1:4124699/58‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTa > 1:4454621/1‑39 (MQ=37) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAt > 1:4297198/1‑48 (MQ=39) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGa > 1:2602707/1‑66 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:2001117/70‑1 (MQ=255) cTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTc < 1:2668204/70‑1 (MQ=255) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGc > 1:16403/1‑43 (MQ=38) tGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:1454140/1‑71 (MQ=255) ggAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTAtt > 1:1172158/1‑47 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTa > 1:4357019/1‑44 (MQ=38) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:1067975/1‑47 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTg > 1:115623/1‑47 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGc > 1:2263057/1‑48 (MQ=39) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa < 1:1477703/68‑1 (MQ=255) gAACAACGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCa > 1:1173455/1‑68 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:4520608/1‑55 (MQ=255) aacaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAg > 1:1068458/1‑55 (MQ=255) acaacGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGc < 1:2033376/71‑1 (MQ=255) acGCGAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTAc > 1:1595451/1‑71 (MQ=255) gcgAAAACCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:794872/1‑48 (MQ=39) aaaaCCGTTGTTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAg > 1:2908278/1‑71 (MQ=255) aaaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCaa > 1:990129/1‑58 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGaa > 1:258969/1‑43 (MQ=38) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:2570519/1‑71 (MQ=255) aaCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtg > 1:59797/1‑71 (MQ=255) aCCGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCg < 1:3121870/49‑1 (MQ=39) ccGTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAgtgg > 1:2577122/1‑70 (MQ=255) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGtt < 1:1038898/42‑1 (MQ=38) gTTATTAACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGa < 1:961283/71‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:2952588/36‑1 (MQ=37) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:4520447/36‑1 (MQ=37) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCt < 1:846659/57‑1 (MQ=255) ttattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCCATGTCa < 1:587107/51‑1 (MQ=255) tattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTg < 1:617787/35‑1 (MQ=37) tattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa > 1:3256961/1‑71 (MQ=255) tattaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa > 1:4288999/1‑71 (MQ=255) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATg > 1:4531648/1‑46 (MQ=39) attaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGaaa < 1:2023594/70‑1 (MQ=255) ttaACTATGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATc < 1:3718397/71‑1 (MQ=255) | ACGAACGAATCGTTCTTGAACGCAGCCCGACCTACTGGAACAACGCGAAAACCGTTATTAACCAGGTAACCTATTTGCCTATTGCTTCTGAAGTTACCGATGTCAACCGCTACCGTAGTGGTGAAATC > W3110S.gb/1303569‑1303696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |