| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 55.4% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 55.4% | 17.7 / 104.8 | 74 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/14); new base T (23/18); total (42/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGA > W3110S.gb/70367‑70500 | aTGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGcc > 1:412119/1‑71 (MQ=255) gtggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATc < 1:4471665/69‑1 (MQ=255) ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCt < 1:4180171/70‑1 (MQ=255) aTGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGc > 1:36160/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg > 1:4707868/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCg > 1:3885540/1‑71 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCtggtgg > 1:219469/1‑69 (MQ=255) tGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCg > 1:1305601/1‑71 (MQ=255) 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1:1860543/71‑1 (MQ=255) tCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:3445541/1‑41 (MQ=255) tCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:1379421/1‑41 (MQ=255) cGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCAGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcga > 1:4270729/1‑70 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc < 1:4584007/71‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc < 1:2700277/71‑1 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgacc > 1:2909591/1‑71 (MQ=255) gTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgac > 1:1314874/1‑70 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:4239391/37‑1 (MQ=255) tttAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTg < 1:2957278/37‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAg > 1:1312686/1‑37 (MQ=255) tAATGCACATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAg > 1:10769/1‑37 (MQ=38) cGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAtttt < 1:4373058/55‑1 (MQ=255) cGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccga > 1:2791515/1‑67 (MQ=255) | ATGGTGGGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGA > W3110S.gb/70367‑70500 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |