| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 38 (1.400) | 28/98 | NT | 86.4% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
| ? | W3110S.gb | = 3748807 | 6 (0.220) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity | |||||
ATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748741‑3748877 | aTTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtg > 1:2447335‑M2/1‑67 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga > 1:1736833‑M2/1‑66 (MQ=255) tAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAgg < 1:1010639‑M2/67‑3 (MQ=255) aagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAAcc < 1:225572‑M1/15‑1 (MQ=255) aaaTCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatg < 1:2361327‑M2/71‑8 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:559865‑M2/71‑12 (MQ=255) ggTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaa > 1:1856425‑M2/1‑56 (MQ=255) gTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaact > 1:1877281‑M2/1‑55 (MQ=255) 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1:1601662‑M1/30‑56 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatga > 1:1895478‑M2/1‑37 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGa > 1:1356384‑M1/28‑58 (MQ=255) cactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg > 1:579986‑M1/28‑71 (MQ=255) aGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:14703‑M2/1‑36 (MQ=255) ccGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat > 1:816909‑M2/1‑34 (MQ=255) gACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtg < 1:1021730‑M2/71‑40 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATACCCCGGaa < 1:799032‑M1/20‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGaa < 1:802132‑M1/20‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:973002‑M1/46‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGAt < 1:2343737‑M1/46‑1 (MQ=255) 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agttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa > 1:673226‑M1/17‑70 (MQ=255) gttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaaaa < 1:593153‑M1/34‑1 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:205188‑M2/71‑48 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1522376‑M2/1‑24 (MQ=255) aaTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatg < 1:392109‑M2/57‑34 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcca > 1:1342118‑M2/1‑23 (MQ=255) tttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttact > 1:2374730‑M2/1‑22 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg < 1:1067203‑M2/71‑51 (MQ=255) ttAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag < 1:2177467‑M2/68‑48 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:1054324‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1988663‑M2/1‑20 (MQ=255) 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1:276677‑M1/6‑71 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:1430334‑M1/67‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:161755‑M1/67‑1 (MQ=255) ttCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:43846‑M2/1‑11 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaa > 1:2389043‑M1/3‑70 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCAAGaaa > 1:799876‑M1/3‑70 (MQ=255) cTAATAACAtgtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtgg > 1:187813‑M2/1‑9 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:68816‑M2/37‑29 (MQ=255) cTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagt < 1:2375332‑M2/37‑29 (MQ=255) cTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaa < 1:1385813/54‑1 (MQ=255) taataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttc < 1:612241‑M2/71‑64 (MQ=255) taataaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttt > 1:1723232‑M2/1‑8 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc > 1:317328/1‑70 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc > 1:443780/1‑70 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGAt < 1:1813203/49‑1 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAcc < 1:141825/69‑1 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAg > 1:892799/1‑71 (MQ=255) taacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCa > 1:1148251/1‑55 (MQ=255) taacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:647771/63‑1 (MQ=255) aacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAgg > 1:2161177/1‑45 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctcc > 1:2428162‑M2/1‑3 (MQ=255) cAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttc > 1:2535231‑M2/1‑2 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:1173646‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:659566‑M2/1‑1 (MQ=255) aataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCAcc > 1:2262065/1‑71 (MQ=255) | ATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748741‑3748877 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |