| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 70,434 | C→T | 40.5% | N16N (AAC→AAT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 70,434 | 0 | C | T | 40.5% | 24.0 / 41.4 | 37 | N16N (AAC→AAT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/9); new base T (7/8); total (20/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70373‑70501 | ggAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCt < 1:1095702/70‑1 (MQ=255) aGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggt < 1:2165483/71‑1 (MQ=255) tATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCtggtg < 1:1449037/70‑1 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg < 1:1037462/71‑1 (MQ=255) aaaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCggg > 1:1336887/1‑71 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:1890964/1‑71 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt > 1:935687/1‑71 (MQ=255) aaaGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGt < 1:572346/71‑1 (MQ=255) gTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGttt > 1:2028136/1‑70 (MQ=255) gAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt > 1:1365542/1‑71 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:2596800/71‑1 (MQ=255) aaGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACCCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAtt < 1:550274/71‑1 (MQ=255) gcAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAgg > 1:1161576/1‑71 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:2216771/1‑54 (MQ=255) aTGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGa > 1:274234/1‑60 (MQ=255) tCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGtt < 1:500527/71‑1 (MQ=255) cccTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGa > 1:288267/1‑58 (MQ=255) ccTGCTGACGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtc < 1:2085718/71‑1 (MQ=255) catgctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGcc < 1:669412/49‑1 (MQ=255) ctgctgCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAt < 1:1983265/69‑1 (MQ=255) tgctgcCGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTaa > 1:420261/1‑45 (MQ=255) gctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGAt > 1:1618447/1‑51 (MQ=255) ctgcCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa > 1:423264/1‑71 (MQ=255) ccGGGATACTCGTTTAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACgg < 1:1011835/59‑1 (MQ=255) gggATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTAtct > 1:1227845/1‑63 (MQ=255) gggATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttt > 1:1190796/1‑71 (MQ=255) gATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:1792966/71‑1 (MQ=255) gATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttttt < 1:1252484/71‑1 (MQ=255) aTACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTa > 1:785132/1‑71 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAgg > 1:1017243/1‑44 (MQ=255) cTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATc > 1:289548/1‑70 (MQ=255) tCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGa < 1:1591768/59‑1 (MQ=255) tttAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccg < 1:663236/71‑1 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:559223/1‑71 (MQ=255) tAATGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATcgaccgac > 1:2029673/1‑71 (MQ=255) tAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGAttttt > 1:2037941/1‑59 (MQ=255) aaCGCCCATCTGGGGGCGGGTTTAACGCCGATTGa < 1:2357810/35‑1 (MQ=255) | GGAGTATGAAAAGTATGGCTGAAGCGCAAAATGATCCCCTGCTGCCGGGATACTCGTTTAACGCCCATCTGGTGGCGGGTTTAACGCCGATTGAGGCCAACGGTTATCTCGATTTTTTTATCGACCGAC > W3110S.gb/70373‑70501 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |