| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | W3110S.gb | 1,301,041 | Δ1,336 bp | 100% | insC–insD | insC, insD | |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | W3110S.gb | 1301041–1302370 | 1302376 | 7–1336 | 93 [0] | [0] 96 | insC–insD | insC,insD |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 1301040 | 0 (0.000) | 65 (2.700) | 26/86 | NT | 100% | intergenic (+218/‑90) | ychE/insC | predicted inner membrane protein/IS2 element protein |
| ? | W3110S.gb | 1302377 = | 0 (0.000) | intergenic (+19/‑519) | insD/oppA | IS2 element protein/oligopeptide transporter subunit | |||||
TTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300968‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 TTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATA > 1:1957318/1‑70 TCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCGTAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTAT > 1:700905/1‑71 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAT < 1:2244572/70‑1 ACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAA > 1:2511133/1‑69 CATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC < 1:1996007/70‑1 ATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACT > 1:1562254/1‑70 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:2180650/1‑65 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:1767671/1‑65 TTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:125672/1‑65 TATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCT > 1:2218413/1‑70 ATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT > 1:1695303/1‑71 ATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT > 1:725895/1‑71 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTG < 1:656979/71‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT < 1:986737/70‑1 TTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTT < 1:2627855/70‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1262309/71‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1868802/71‑1 ACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGG > 1:386754/1‑70 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA > 1:3160/1‑70 CATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA > 1:2611087/1‑70 ATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA > 1:1282707/1‑69 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG < 1:2163957/71‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG > 1:1192131/1‑71 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAG > 1:1195257/1‑71 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA < 1:1162086/70‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA < 1:1917117/70‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAA < 1:1819000/70‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAT < 1:1305029/47‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAT < 1:1164730/47‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAAT < 1:1565539/47‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1138707/44‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:152370/44‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:720085/44‑1 TCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1247324/44‑1 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT > 1:690354/1‑71 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT > 1:2294328/1‑71 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGT > 1:2170970/1‑71 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:1632774/1‑60 CATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG > 1:2370307/1‑60 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTT < 1:2622514/56‑1 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA > 1:1525562/1‑43 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA > 1:420886/1‑43 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA > 1:1503810/1‑43 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA > 1:952368/1‑43 ATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTA > 1:382242/1‑43 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCga > 1:122689/1‑45 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTT < 1:1821531/54‑1 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:796307/1‑47 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:648990/1‑47 AATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCA > 1:1086361/1‑47 ATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTA < 1:2348261/71‑1 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:2302315/1‑41 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:586994/1‑41 CTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTC > 1:661130/1‑41 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAA < 1:1219955/68‑1 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:754388/35‑1 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:1315931/35‑1 TGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATT < 1:720230/35‑1 CTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:2370458/55‑1 CTGAAGAATAATTGAAATGGTATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCA < 1:671938/70‑1 CTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCA < 1:2265993/70‑1 CTGAAGAATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCA < 1:312124/70‑1 AATAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGG < 1:827533/38‑1 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAA > 1:315699/1‑71 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA > 1:223360/1‑38 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA > 1:1669784/1‑38 TAATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTA > 1:1634588/1‑38 aaTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:2067322/3‑67 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:525494/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:217026/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:1136139/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:123907/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT > 1:1547241/1‑70 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:2223120/1‑67 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTA > 1:691153/1‑67 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:2265512/59‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:42602/59‑1 ATTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATC < 1:524694/59‑1 ATTGAAATGACATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAAT < 1:1571661/70‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1875131/40‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1887859/40‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1339512/40‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:851044/40‑1 TTGAAATGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGA < 1:1041027/40‑1 TGATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAA > 1:1619274/1‑50 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT > 1:1610538/1‑71 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT > 1:420056/1‑71 ATATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCAT > 1:1004533/1‑71 TATTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATT > 1:1463594/1‑71 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:739391/70‑1 TTATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTT < 1:1128940/70‑1 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:2164238/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > 1:820430/1‑71 ATTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTA > 1:1492386/1‑58 TTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCGCCACATCATAATCCTGGGCTTGCTGAAGAATAATTGAAATGATATTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/1300968‑1301040‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑gatattaTTAATTCCACTGCCTTTGGTAGAGGAAAGTGCTAAATAATAATCAATTGTTAAATTATTGTGCATTTCAC > W3110S.gb/1302377‑1302446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |