| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,058,034 | C→T | 70.7% | G279G (GGC→GGT) | amn → | AMP nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,058,034 | 0 | C | T | 70.7% | 54.1 / 31.9 | 41 | G279G (GGC→GGT) | amn | AMP nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/5); new base T (18/11); total (25/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.54e-01 | |||||||||||
AACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTT > W3110S.gb/2057967‑2058099 | aaCATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGtgtg < 1:1607760/71‑1 (MQ=255) cAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGAcc > 1:2148362/1‑71 (MQ=255) cAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGAcc > 1:1678502/1‑71 (MQ=255) cAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGAcc > 1:1367901/1‑71 (MQ=255) aGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCaaa < 1:2047118/69‑1 (MQ=255) aGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCaaa < 1:1193998/69‑1 (MQ=255) aGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCaaa < 1:2534727/69‑1 (MQ=255) tGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTATGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTaa < 1:2535045/71‑1 (MQ=255) gCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:2623243/1‑71 (MQ=255) aTTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:983005/1‑69 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCa > 1:2013821/1‑56 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:2671489/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:329427/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:564006/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:619217/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:1104349/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:2025731/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATc > 1:1294745/1‑71 (MQ=255) tAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTggg > 1:2086020/1‑49 (MQ=255) aGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTg > 1:44142/1‑71 (MQ=255) ggTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCt < 1:622250/71‑1 (MQ=255) ggTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCt < 1:1645028/71‑1 (MQ=255) gTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTa > 1:12891/1‑71 (MQ=255) gTATTACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTa > 1:313518/1‑71 (MQ=255) ttACTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAAcc < 1:2033430/44‑1 (MQ=255) ttACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGatcat < 1:1756812/56‑1 (MQ=255) ttACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGatcat < 1:340678/56‑1 (MQ=255) aCTCTGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCAt > 1:1189423/1‑44 (MQ=255) tGGTGAATATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTaaaa > 1:1222384/1‑36 (MQ=255) aaTATTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCt > 1:106825/1‑70 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:2641044/38‑1 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:1465868/38‑1 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:2294926/38‑1 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:2169876/38‑1 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:46761/38‑1 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:2117742/38‑1 (MQ=255) tatTGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCg < 1:798750/38‑1 (MQ=255) tatTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGt > 1:1699144/1‑71 (MQ=255) ttGGTGTGGGACCGTCAAATGTTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAg > 1:21479/1‑48 (MQ=255) ttGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAg > 1:587151/1‑48 (MQ=255) ttGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAg > 1:1923237/1‑48 (MQ=255) ttGGTGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGtt > 1:1978010/1‑70 (MQ=255) | AACATCAGATGCCAGCATGGCATTTAATTACCGCCGATGGTCAGGGTATTACTCTGGTGAATATTGGCGTGGGACCGTCAAATGCTAAAACCATCTGCGATCATCTGGCAGTGCTACGCCCGGATGTCTGGTT > W3110S.gb/2057967‑2058099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |