| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,909,884 | C→T | 14.0% | V38M (GTG→ATG) | chpR ← | antitoxin of the ChpA‑ChpR toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,909,884 | 0 | C | T | 14.0% | 136.6 / 12.7 | 50 | V38M (GTG→ATG) | chpR | antitoxin of the ChpA‑ChpR toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (20/23); new base T (4/3); total (24/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
ACCAGTTCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATC > W3110S.gb/2909820‑2909948 | aCCAGTTCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTc < 1:2050504/71‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCa < 1:929276/71‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCa < 1:2563199/71‑1 (MQ=255) ccAGTTCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCa < 1:2473104/71‑1 (MQ=255) tCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt > 1:23874/1‑71 (MQ=255) cAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt > 1:1531254/1‑70 (MQ=255) cAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt > 1:1882710/1‑70 (MQ=255) cAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt > 1:522220/1‑70 (MQ=255) cAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt > 1:142629/1‑70 (MQ=255) cAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt > 1:859645/1‑70 (MQ=255) cAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATct > 1:1835215/1‑69 (MQ=255) aGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATccacca > 1:1554016/1‑55 (MQ=255) cGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTtcat > 1:1451027/1‑71 (MQ=255) gTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTtcat > 1:2050745/1‑70 (MQ=255) tACGGGCTCTTTACGCACTTGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt < 1:2591929/57‑1 (MQ=255) tACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATctt < 1:1794272/57‑1 (MQ=255) cGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAata < 1:1718652/71‑1 (MQ=255) gggCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAata < 1:1934625/70‑1 (MQ=255) ctTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAatat > 1:2384113/1‑66 (MQ=255) ctTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATAtt > 1:698163/1‑67 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCGATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGAtt > 1:1217561/1‑70 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAAt > 1:1464844/1‑43 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAAt > 1:221866/1‑43 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGa < 1:986200/68‑1 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGAtt > 1:1016414/1‑70 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGAtt > 1:433295/1‑70 (MQ=255) tACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGAtt > 1:466422/1‑70 (MQ=255) aCGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCGTCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTg < 1:1400647/70‑1 (MQ=255) aCGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTg < 1:1509877/70‑1 (MQ=255) aCGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTg < 1:1401216/70‑1 (MQ=255) gCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTg < 1:287694/70‑1 (MQ=255) gCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTg < 1:218090/70‑1 (MQ=255) cTCAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcat < 1:677095/44‑1 (MQ=255) cTCAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcat < 1:1942062/44‑1 (MQ=255) cTCAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcat < 1:1623223/44‑1 (MQ=255) cTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTg < 1:750097/69‑1 (MQ=255) tCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTg < 1:2144107/68‑1 (MQ=255) cAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcatca > 1:210821/1‑44 (MQ=255) cAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcatca > 1:1555837/1‑44 (MQ=255) cAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcatca > 1:1157024/1‑44 (MQ=255) cAATAATTAATTTGCCATCCATCAGGTCAATCTTCACTtcatca > 1:1098376/1‑44 (MQ=255) aataatTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCa < 1:1655769/53‑1 (MQ=255) taattaatTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTg < 1:1711399/56‑1 (MQ=255) taattaatTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAAc > 1:2518768/1‑71 (MQ=255) aattaattTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACg > 1:1634085/1‑71 (MQ=255) attaattTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCaa < 1:1621110/43‑1 (MQ=255) ttaattTGCCATCCACCATGTCAATCTTCACTTCATCATCAat < 1:704485/43‑1 (MQ=255) ttaattTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAat < 1:2058169/43‑1 (MQ=255) aattTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAatat > 1:1432375/1‑43 (MQ=255) ccATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGAt < 1:219228/71‑1 (MQ=255) cATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATc < 1:1383712/71‑1 (MQ=255) | ACCAGTTCAGCAAGCGTAAATACGGGCTCTTTACGCACTGGCTCAATAATTAATTTGCCATCCACCAGGTCAATCTTCACTTCATCATCAATATTCAGATTGAGCGCCTGCATTAACGTAGCCGGGATC > W3110S.gb/2909820‑2909948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |