| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 4,195,173 | A→G | 77.8% | *118* (TAA→TGA) | rplR → | 50S ribosomal subunit protein L18 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,195,173 | 0 | A | G | 77.8% | 114.4 / 27.5 | 54 | *118* (TAA→TGA) | rplR | 50S ribosomal subunit protein L18 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (4/8); new base G (19/23); total (23/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAA > W3110S.gb/4195111‑4195228 | ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga < 1:904743/70‑1 (MQ=255)ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga < 1:1122410/70‑1 (MQ=255)ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga < 1:819365/70‑1 (MQ=255)ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga < 1:472717/70‑1 (MQ=255)ccAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTaga < 1:1872581/70‑1 (MQ=255) tatCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTag < 1:1092258/65‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGgtgt > 1:543318/1‑69 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa < 1:760183/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa < 1:537565/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa < 1:1477724/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:97920/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:676261/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:1097928/71‑1 (MQ=255) tCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:1267899/71‑1 (MQ=255) cATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:1690861/70‑1 (MQ=255) tGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGAt < 1:2321663/71‑1 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACAt > 1:2475719/1‑70 (MQ=255) cAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATc > 1:426595/1‑71 (MQ=255) cACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTaa < 1:1046526/54‑1 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:1893861/1‑70 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:2262195/1‑70 (MQ=255) ggCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:276927/1‑70 (MQ=255) ggCAGATGATGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAAc > 1:1151941/1‑70 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGTTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACaa < 1:2309996/71‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACaa < 1:2507309/71‑1 (MQ=255) gCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACaa < 1:963415/71‑1 (MQ=255) cAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTag < 1:2419568/40‑1 (MQ=255) cAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGaaaaa > 1:586137/1‑67 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTa < 1:1913805/45‑1 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTa < 1:756353/45‑1 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTa < 1:2564846/45‑1 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCt > 1:718686/1‑71 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCt > 1:452837/1‑71 (MQ=255) gATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAgg < 1:337337/35‑1 (MQ=255) aTGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTa < 1:1636990/44‑1 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTa > 1:2165144/1‑35 (MQ=255) tgctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTa > 1:1279557/1‑35 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa > 1:2127058/1‑43 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTaa > 1:1851727/1‑43 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTa > 1:28603/1‑42 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGc > 1:1914953/1‑71 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTagag > 1:266333/1‑37 (MQ=255) gctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTag > 1:753679/1‑35 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1433909/1‑44 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:2641912/1‑44 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGa > 1:1544147/1‑44 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCg < 1:1445009/71‑1 (MQ=255) ctgcCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGc < 1:247937/70‑1 (MQ=255) aaGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAg > 1:658771/1‑70 (MQ=255) aGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCg < 1:2292052/61‑1 (MQ=255) aGCTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCg < 1:367386/61‑1 (MQ=255) cTGGCCTTCAGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGaaa < 1:1416179/71‑1 (MQ=255) aGTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGaa > 1:59445/1‑52 (MQ=255) gTTCTGAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCg < 1:2537412/49‑1 (MQ=255) | CCAATATCATGGTCGTGTCCAGGCACTGGCAGATGCTGCCCGTGAAGCTGGCCTTCAGTTCTAAGGTAGAGGTGTAAGATGGCTCACATCGAAAAACAAGCTGGCGAACTGCAGGAAA > W3110S.gb/4195111‑4195228 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |