| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | = 713954 | 16 (0.840) | 45 (2.370) | 20/102 | NT | 57.7% | coding (546/546 nt) | seqA | regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | 2809398 = | 50 (2.630) | intergenic (+63/‑28) | ygaH/mprA | predicted inner membrane protein/DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713886‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA > W3110S.gb/2809398‑2809454 ataGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:1535236/4‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:530699/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:77970/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:88523/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:1389957/1‑71ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACG > 1:1446528/1‑71 TCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGG > 1:1633145/1‑71 TCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATT < 1:975752/70‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:561444/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:615249/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:685759/71‑1 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:959850/1‑71 ATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT > 1:1287034/1‑71 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:811078/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:1786768/71‑1 GTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:1736082/66‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTC < 1:154259/71‑1 TCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGT < 1:450109/70‑1 CGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGA > 1:24532/1‑66 gacGCAATACCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:1646517/67‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:1746186/70‑1 GATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA > 1:940629/1‑70 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:192475/71‑1 AATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAAT < 1:1498050/58‑1 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:261658/71‑1 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:661505/71‑1 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:1497998/71‑1 ATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAA < 1:1120348/71‑1 TTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:28587/52‑1 TTCCAGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAAT < 1:148032/52‑1 TCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAA > 1:751503/1‑50 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:1061196/1‑71 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:1044080/1‑71 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:1369306/1‑71 CCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG > 1:1277079/1‑71 CCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATG < 1:564121/70‑1 CGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGA < 1:884672/71‑1 ATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCG < 1:662326/71‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAT < 1:399735/64‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAT < 1:633783/64‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAT < 1:371164/64‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAT < 1:119144/64‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGAT < 1:326001/64‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:693318/51‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:1444900/51‑1 TTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCA < 1:816238/51‑1 TGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTT > 1:613687/1‑71 CGGAACTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA < 1:354995/70‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:537475/35‑1 CTATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCA < 1:27391/35‑1 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:717830/1‑35 ATCTAACGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAA > 1:540981/1‑35 ATCGAACACATCATGCAGTCGATGCAATTCCCGGCGGAATTGATTGAGAAGGTTTGCGGAACTATCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > W3110S.gb/713886‑713954‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CGGCTGAAATTAATGAGGTCATACCCAAATGGATAGTTCGTTTACGCCCATTGAACA > W3110S.gb/2809398‑2809454 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |