| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | W3110S.gb | 713380 = | 21 (1.100) | 37 (2.110) | 14/94 | NT | 69.0% | intergenic (‑156/‑29) | ybfF/seqA | conserved hypothetical protein/regulatory protein for replication initiation |
| ? | W3110S.gb | = 4125340 | 14 (0.800) | coding (836/837 nt) | dam | DNA adenine methylase | |||||
GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTAT > W3110S.gb/713310‑713447 | gAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa < 1:990177/71‑1 (MQ=255) cacgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTc > 1:418918‑M1/68‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:1765180/1‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:464219/1‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:192570/1‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:1759436/1‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:1736812/1‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:1569446/1‑71 (MQ=255) tttCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAg > 1:1363348/1‑71 (MQ=255) cgtaaaaaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAg < 1:30961‑M1/6‑1 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:210395‑M1/60‑71 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:1307414‑M1/60‑71 (MQ=255) aaggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:1492989‑M1/60‑71 (MQ=255) aggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:1321974‑M1/59‑70 (MQ=255) aggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:1840522‑M1/12‑1 (MQ=255) aggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa < 1:655112‑M1/12‑1 (MQ=255) aggtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcaccagcgaaaaaataATTCAGCTa < 1:542686‑M1/9‑1 (MQ=255) aGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa > 1:392817/1‑58 (MQ=255) aGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa > 1:1665181/1‑58 (MQ=255) aGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTa > 1:503782/1‑58 (MQ=255) gtggacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGacac > 1:912534‑M1/57‑71 (MQ=255) gacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg > 1:831637‑M1/54‑70 (MQ=255) gacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg > 1:166577‑M1/54‑70 (MQ=255) gacgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactg > 1:822279‑M1/54‑70 (MQ=255) acgaactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgca > 1:413838‑M1/53‑71 (MQ=255) ttGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:686742/1‑71 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:1124257‑M1/50‑61 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:448978‑M1/50‑61 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:615211‑M1/50‑61 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGa > 1:1532049‑M1/50‑61 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:596183‑M1/50‑71 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:975299‑M1/50‑71 (MQ=255) aactgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:524640‑M1/50‑71 (MQ=255) actgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:46463‑M1/49‑70 (MQ=255) actgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGAcactgcactg > 1:1619485‑M1/49‑70 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGaca < 1:850110‑M1/14‑1 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGaca < 1:1761966‑M1/14‑1 (MQ=255) ctgctggctttgtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGaca < 1:541311‑M1/14‑1 (MQ=255) ccGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGAt > 1:1695315/1‑70 (MQ=255) ccGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGAACTGGATTAAGAt > 1:1584330/1‑70 (MQ=255) ccGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGAACTGGATTAAGAt > 1:1586579/1‑70 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:1032543‑M1/37‑70 (MQ=255) gtacaaaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:1075306‑M1/37‑70 (MQ=255) ccGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa < 1:1074881/60‑1 (MQ=255) aaccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaa > 1:1837442‑M1/32‑65 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:36034‑M1/30‑71 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:696093‑M1/30‑71 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:877287‑M1/30‑71 (MQ=255) ccaggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg > 1:1563847‑M1/30‑71 (MQ=255) caggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa > 1:1530415‑M1/29‑71 (MQ=255) ggagtcgtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTaa > 1:1495546‑M1/27‑54 (MQ=255) tATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa > 1:302591/1‑61 (MQ=255) tATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGaaaa > 1:1146834/1‑61 (MQ=255) tATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTg < 1:702711/67‑1 (MQ=255) gtttcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1770509‑M1/21‑70 (MQ=255) atatACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTa < 1:1271622/47‑1 (MQ=255) tcacccgcgaaaaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat < 1:322758‑M1/53‑1 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgatg < 1:843706/71‑1 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:1550589/1‑70 (MQ=255) taCTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgatgat > 1:653719/1‑70 (MQ=255) gCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa < 1:1649781/52‑1 (MQ=255) gCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa < 1:1364233/52‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:1372975‑M1/65‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:632502‑M1/65‑1 (MQ=255) aaaataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGc < 1:1607900‑M1/65‑1 (MQ=255) ttGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGa < 1:1420274/47‑1 (MQ=255) tGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1383514/1‑53 (MQ=255) tGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:118924/1‑53 (MQ=255) tGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1138493/1‑53 (MQ=255) tGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:960472/1‑53 (MQ=255) tGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1362825/1‑53 (MQ=255) tGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTtgat > 1:1355927/1‑53 (MQ=255) ataATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTAGAGCtat > 1:1663‑M1/4‑71 (MQ=255) | GAGTTTTTCTGCAAGCCAGGCTTGACGCTATCCGCTGCCGGGATTTATTCATATACTCCTGGCGACTTGTATTCAGCTAAGACACTGCACTGGATTAAGATGAAAACGATTGAAGTTGATGATGAACTCTACAGCTAT > W3110S.gb/713310‑713447 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |