New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | = 2412225 | NA (NA) | 17 (0.890) | 9/102 | NT | 70.8% | intergenic (‑55/‑782) | insA/yfbQ | IS1 element protein/predicted aminotransferase |
? | W3110S.gb | = 3748807 | 7 (0.370) | coding (176/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 | gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1193921‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:590812‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:612863‑M2/1‑68 (MQ=255) gATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1368005‑M2/1‑68 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata > 1:1233804‑M1/60‑71 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata > 1:1589458‑M1/60‑71 (MQ=255) acaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTaataacaata > 1:658791‑M1/60‑71 (MQ=255) ttAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:972540‑M2/1‑66 (MQ=255) tcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCgg > 1:62199‑M1/54‑71 (MQ=255) cTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgc < 1:982338‑M2/71‑12 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAAt < 1:1325806‑M1/21‑1 (MQ=255) gggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATg < 1:1240394‑M1/22‑1 (MQ=255) ggTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgatgccaacttact < 1:1773382‑M2/70‑21 (MQ=255) ttAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtga < 1:1660002‑M2/51‑6 (MQ=255) aacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGaa > 1:1124138‑M1/37‑68 (MQ=255) aaCTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:345582‑M2/1‑42 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGTAGCATTGAAAACCAgg < 1:1542778‑M1/39‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:69520‑M1/39‑1 (MQ=255) taaaacactatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAgg < 1:1451205‑M1/39‑1 (MQ=255) gAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggt > 1:1554689‑M2/1‑37 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:823300‑M1/45‑1 (MQ=255) ctatcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGa < 1:195838‑M1/45‑1 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATg < 1:759788‑M1/44‑1 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCTGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:781090‑M1/19‑71 (MQ=255) taagttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa > 1:725210‑M1/19‑71 (MQ=255) gATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgttttt > 1:1121689‑M2/1‑27 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:1676841‑M2/1‑26 (MQ=255) aTAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:499859‑M2/1‑26 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttg > 1:771050‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtg > 1:649563‑M2/1‑25 (MQ=255) tAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgcc > 1:141408‑M2/1‑25 (MQ=255) ttggagtcattaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAgg > 1:1612640‑M1/15‑71 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:738327‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgagg > 1:1429840‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:1650748‑M2/1‑23 (MQ=255) aTTTAAATTTGCTTCTAATAACAggggatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:805642‑M2/1‑23 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:439167‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:708872‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:1586766‑M2/71‑52 (MQ=255) tAAATTTGCTTCTAATAACAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgc < 1:1464903‑M2/71‑52 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:207559‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:305975‑M1/62‑1 (MQ=255) attaccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCAccc < 1:570103‑M1/62‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa < 1:683051‑M1/55‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa < 1:1702868‑M1/55‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa < 1:1627111‑M1/55‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:475268‑M1/67‑1 (MQ=255) accCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaa < 1:789935‑M1/67‑1 (MQ=255) ccCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaa > 1:248560‑M1/3‑71 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:529110/52‑1 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATa < 1:103417/52‑1 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:965038/1‑69 (MQ=255) taataaCAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:1369797/1‑69 (MQ=255) aataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAAc > 1:192158/1‑69 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGaaaaa > 1:558705/1‑67 (MQ=255) ataacaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCa < 1:92692/70‑1 (MQ=255) taaCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggct > 1:1296198‑M2/1‑5 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1336719/1‑49 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:116352/1‑49 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:693982/1‑49 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:693170/1‑49 (MQ=255) acaataacCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATaaa > 1:1454890/1‑49 (MQ=255) aCAggtgatgctgccaacttactgatttagtgtat > 1:679908‑M2/1‑3 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:1273338‑M2/1‑1 (MQ=255) aggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttct > 1:769287‑M2/1‑1 (MQ=255) | GATTAAATCTTTGGTGATGGTGTTAAAACTGGAGCCGACGGGATAATTTAAATTTGCTTCTAATAACAATAACCCGGAATGAAGCATTGAAAACCAGGCAATGATAAGGATAAAGGCACCCCAGAAAAACCAGGCACC > W3110S.gb/3748740‑3748877 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |