New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | W3110S.gb | 3748799 = | 3 (0.160) | 19 (1.000) | 10/102 | NT | 86.4% | coding (184/984 nt) | tnaB | tryptophan transporter of low affinity |
? | W3110S.gb | 4056222 = | NA (NA) | intergenic (‑564/+15) | yrhB/insB | hypothetical protein/IS1 transposase InsAB' |
CTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > W3110S.gb/4056154‑4056280 | cTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:1311248/71‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:1089606/69‑1 (MQ=255) aaCGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:1446231/69‑1 (MQ=255) gAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCaa > 1:1700602/1‑71 (MQ=255) gAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCa > 1:380333/1‑70 (MQ=255) ttCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGa > 1:622612/1‑70 (MQ=255) cTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt < 1:420276/69‑1 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:1122536/42‑1 (MQ=255) atatTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTa < 1:216344/42‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:923374/40‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGt < 1:396499/40‑1 (MQ=255) tattatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCa < 1:801175/50‑1 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:114272/1‑43 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1166763/1‑43 (MQ=255) ttatCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGa > 1:1286336/1‑43 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:744514/1‑38 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa > 1:1548027/1‑38 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:413881/1‑69 (MQ=255) atCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGtt > 1:1702485/1‑69 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:211114/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:429420/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAt < 1:510301/69‑1 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:1645275/1‑71 (MQ=255) tAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATaa > 1:919816/1‑71 (MQ=255) aTTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATg > 1:598687/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:1401775/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:1308009/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:206066/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:1830770/1‑71 (MQ=255) aCTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGt > 1:1605304/1‑71 (MQ=255) | CTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGT > W3110S.gb/4056154‑4056280 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |